1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...ctaaatagtaagtttgcaaggcaataggttcactggtaacttagatatgtggattgacgttttgagaaaatatttgtttctaccatatgtatccttgaagATCGAGATTTTGCATCAAGGAAGGGTGATCCCATGCCATTCCCTCCTGGGGTTGGTGGAGGACGCATAGTTGGAGATGCCAACCTTGATACTTTTGAGGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G35510.1 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCATCTTCATTTGGAAATGATTTAGCTGACCTTGAAATTGGGGATTCAA ATCGAGATTTTGCATCAAGGAAGGGTGATCCCATGCCATTCCCTCCTGGGGEST: gi|58016920|gb|CX703662.1|CX703662
genomic: ATCATCTTCAGTTGGAAATGATTTAGCTGACCTTGAAATTGGGGATTCAAgtaagactac ... atccttgaagATCGAGATTTTGCATCAAGGAAGGGTGATCCCATGCCATTCCCTCCTGGGG
EST: ATCATCTTCAGTTGGAAATGATTTAGCTGACCTTGAAATTGGGGATTCAA ATCGAGATTTTGCATCAAGGAAGGGTGATCCCATGCCATTCCCTCCTGGGGEST: gi|58016673|gb|CX703415.1|CX703415
genomic: ATCATCTTCAGTTGGAAATGATTTAGCTGACCTTGAAATTGGGGATTCAAgtaagactac ... atccttgaagATCGAGATTTTGCATCAAGGAAGGGTGATCCCATGCCATTCCCTCCTGGGG
EST: ATCATCTTCAGTTGGAAATGATTTAGCTGACCTTGAAATTGGGGATTCAA ATCGAGATTTTGCATCAAGGAAGGGTGATCCCATGCCATTCCCTCCTGGGG
genomic: ATCATCTTCAGTTGGAAATGATTTAGCTGACCTTGAAATTGGGGATTCAAgtaagactac ... atccttgaagATCGAGATTTTGCATCAAGGAAGGGTGATCCCATGCCATTCCCTCCTGGGG
tatgtggattgacgttttgagaaaatatttgtttctaccatatgtatccttgaagATCGAGATTTTGCATCAAGGAAGGGTGATCCCATGCCATTCCCTCCTGGGGTTGGTGGAGGACGCATAGTTGGAGATGCCAACCTTGATACTTTTGAGGT
gattgac putative branch site (score: 3)
tatcctt putative PPT
ttttgagaaaatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctaaatagtaagtttgcaaggcaataggttcactggtaacttagatatgtggattgacgttttgagaaaatatttgtttctaccatatgtatccttgaagATCGAGATTTTGCATCAAGGAAGGGTGATCCCATGCCATTCCCTCCTGGGGTTGGTGGAGGACGCATAGTTGGAGATGCCAACCTTGATACTTTTGAGGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - tgcaagg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatatg