Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgtgtatgtatttgtgaattgattattatctgtgctatgatgacagcatatttcttgcagaaagttctgtttattaggaaattagttttcatgttacttaccaatctctgtgcatggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCTGTCTCAGGCAACCGTGATGTAGTTGGCAGTGAGACCGAGGCCTCTCGTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20320.2
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17023541|gb|BM094575.1|BM094575
EST:     GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATG                         TTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGgtgcgtgtat ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
EST: gi|207750295|gb|GD722903.1|GD722903
EST:     GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATG                         TTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGgtgcgtgtat ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
EST: gi|31473591|gb|CD415604.1|CD415604
EST:     GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGGTGCG                     
genomic: GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTA---T--Ggtgcgtgtat ... ggttta
EST: gi|31473591|gb|CD415604.1|CD415604
EST:     GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGGTGCG                     
genomic: GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTA---T--Ggtgcgtgtat ... ggttta
EST: gi|9986548|gb|BE660656.1|BE660656
EST:     GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATG                         TTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGgtgcgtgtat ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
EST: gi|19453366|gb|BM954776.1|BM954776
EST:     GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATG                         TTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGgtgcgtgtat ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
EST: gi|26048756|gb|CA785209.1|CA785209
EST:     GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATG                         TTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGgtgcgtgtat ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
EST: gi|15204184|gb|BI426952.1|BI426952
EST:     GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATG                         TTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGgtgcgtgtat ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
EST: gi|208328456|gb|GE130118.1|GE130118
EST:     GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATG                         TTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: GACAAAAAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGgtgcgtgtat ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattaggaaattagttttcatgttacttaccaatctctgtgcatggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCTGTCTCAGGCAACCGTGATGTAGTTGGCAGTGAGACCGAGGCCTCTCGTT
                        tacttac  putative branch site (score: 1)
        aaattagttttcat  TA-rich tract