Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatttgtgaattgattattatctgtgctatgatgacagcatatttcttgcagaaagttctgtttattaggaaattagttttcatgttacttaccaatctctgtgcatggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCTGTCTCAGGCAACCGTGATGTAGTTGGCAGTGAGACCGAGGCCTCTCGTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20320.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9986548|gb|BE660656.1|BE660656
EST:     AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTA---T--G-                         TTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGGTGCGTgtatgtattt ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
EST: gi|15204184|gb|BI426952.1|BI426952
EST:     AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATG-T---T                         --GTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGGTGCGTgtatgtattt ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
EST: gi|31473591|gb|CD415604.1|CD415604
EST:     AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGGTGCGT                         TTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAGGCGAGGTGCT
genomic: AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGGTGCGTgtatgtattt ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
EST: gi|26048756|gb|CA785209.1|CA785209
EST:     AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATG-T---T                         --GTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGGTGCGTgtatgtattt ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
EST: gi|19453366|gb|BM954776.1|BM954776
EST:     AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTA---T--G-                         TTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGGTGCGTgtatgtattt ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
EST: gi|17023541|gb|BM094575.1|BM094575
EST:     AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTA---T--G-                         TTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT
genomic: AAGGCCCAGTTACATATGACTCAACTGGATCTAAAGATGCTATGGTGCGTgtatgtattt ... ggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattaggaaattagttttcatgttacttaccaatctctgtgcatggtttatcagTTGTCAAGTTCTAATTTCTTCTGGTCAAGTGGAACTGCAAAGCGAGGTGCTGTCTCAGGCAACCGTGATGTAGTTGGCAGTGAGACCGAGGCCTCTCGTT
                        tacttac  putative branch site (score: 1)
        aaattagttttcat  TA-rich tract