Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagtcagattgatctgtttatgtagggtggcttgtgattgatgttttcatttgttcaaatgctttactaaaatattctattattgcagCGAATGATGGCCTTATATGTTGCATCTCATTACAAGAATTCTCCAAATGATTTGCAACTGATGGCGGATGCTCCAGCACACCACTTATTTGTACTACTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G15130.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G15130.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv07s0031g01750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
gtaaagtcagattgatctgtttatgtagggtggcttgtgattgatgtt--ttcatttgttcaaatgctttactaaaatatt-ctattattgcagCGAATGATGGCCTTATATGTTGCATCTCATTACAAGAATTCTCCAAATGATTTGCAACTGATGGCGGATGCTCCAGCACACCACTTATTTGTACTACTTG
          |   |  |||  || | |    | || | |||  | ||  ||  |||||  |||   ||| || |  ||||  ||   |||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||
--------gtaactacttgtcaatctggtaatgattctcattttttttccttattttgtgaaaaacttttgctcatgtattattaactttgcagCGAATGATGGCCCTTTATGTTGCTTCTCACTACAAAAATTCTCCAAATGATTTACAATTAATGGCTGATGCTCCAGCTCACCACTTGTTTGTGTTACTTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgattgatgttttcatttgttcaaatgctttactaaaatattctattattgcagCGAATGATGGCCTTATATGTTGCATCTCATTACAAGAATTCTCCAAATGATTTGCAACTGATGGCGGATGCTCCAGCACACCACTTATTTGTACTACTTG
                               tactaaa  putative branch site (score: 1)
                                         ttctatt  putative PPT
                       aaatgctttactaaaa  TA-rich tract