Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgagagaaattatttatggtacataaaaaatgtgtttatcctatttagttttacttgtaaatattttttggacttacctatttaatatggtccatgatagGTACCTTTTGCCGCTGCTGCTTCAGTATGACTCTACTGCTGAAGAGTCTGATGCAACAGAATCGCATGGTGTTGGTGCTAGTGTTCAAATTGCCAAAAAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G08040.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G08040.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv11s0016g04420.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
tgagagaaattatttatggtacataaaaaatgtgtttatcctatttagttttacttgtaaatattttttggacttacctatttaatatggtc---catgat---agGTACCTTTTGCCGCTGCTGCTTCAGTATGACTCTACTGCTGAAGAGTCTGATGCAACAGAATCGCATGGTGTTGGTGCTAGTGTTCAAATTGCCAAAAAC
| |     |||  |||| ||   |        ||||| |  || |   || || || |  | |  | |   |       |||||||   ||    ||||||   ||||| || |||||  || ||||||||||||| || |||||||| || |||||||| || ||  | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| 
tcatgttcatt-cttattgtctgtgt----cttgtttgtt-taatggattgtagttattgaaacatatcaaaacctgtcatttaatggtgttaaacatgattttagGTATCTATTGCCATTGTTGCTTCAGTATGATTCAACTGCTGACGAATCTGATGCGACGGAGGCACATGGTGTTGGTGCTAGTGTACAAATAGCCAAAAAT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagttttacttgtaaatattttttggacttacctatttaatatggtccatgatagGTACCTTTTGCCGCTGCTGCTTCAGTATGACTCTACTGCTGAAGAGTCTGATGCAACAGAATCGCATGGTGTTGGTGCTAGTGTTCAAATTGCCAAAAAC
     ttacttgtaaatattt  TA-rich tract