Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataaatcagtttcctatcattttctttttcattcgtggttgttgtcattgagtttctgacaatttctctgttatggcagTACCGAGTCCCCTTTATTATGGATTAGAGCAGATCCTGATATGGAGTACCTTGCTGAGGTTCATTTTAACCAACCAGTTCAAATGTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G07920.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7232467|gb|AW567823.1|AW567823
EST:     GATGGCTCTGATGATAATGGTGATGTGCCTTCCATGGATATGCGCTTGAA                         TACCGAGTCCCCTTTATTATGGATTAGAGCAGATCCTGATATGGAGTACCT
genomic: GATGGCTCTGATGATAATGGTGATGTGCCTTCCATGGATATGCGCTTGAAgtataaatca ... gttatggcagTACCGAGTCCCCTTTATTATGGATTAGAGCAGATCCTGATATGGAGTACCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttcattcgtggttgttgtcattgagtttctgacaatttctctgttatggcagTACCGAGTCCCCTTTATTATGGATTAGAGCAGATCCTGATATGGAGTACCTTGCTGAGGTTCATTTTAACCAACCAGTTCAAATGTGG
                             ttctgac  putative branch site (score: 2)
                                      tttctctgtt  putative PPT
                                  acaattt  TA-rich tract