Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aggcaattctttcattatatctgccttcatatcttacagaatagtaatttgcaaatgcaattcttcatacatattgaatactgaaaattgtctgttgcagGTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGACTGGGTGATGGATTTGCAAAATTCTGTTGTGATATCAACTGGTCCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G04600.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G04600.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv02s0154g00540.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
--aggcaattctttcattatatctgccttcatatcttacagaatagtaat--ttgcaaatgcaattct-tcatacatattgaatactgaaaattgtctgttgcagGTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGACTGGGTGATGGATTTGCAAAATTCTGTTGTGATATCAACTGGTCCAG
    |    ||| |    ||||      |||     |  |||||    ||   |     || | |||| |||   ||| | ||| ||    | |  |   |||||||| | || ||  |||| ||| |||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    | || |    |||  || | ||||| ||||
actcgaggatctatttgcatattcattctcagtgtctctagaatcaacataactatctctgtagttctatcactaataat-aatgct----acttccacctgcagGTTGAATTTACTGAGACTGGGATATGCCATGGATTCGTGCTTTGGATTGATTGGGTGATGGATGCCGAGAACTGCACTGTATTACCTACTGGGCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208168513|gb|GD968671.1|GD968671
EST:     TGGAGTTTGATTTTTCAAAACAAATATGCCTATGTCAAGGAAAATCCCAG                         GTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGAC
genomic: TGGAGTTTGATTTTTCAAAACAAATATGCCTATGTCAAGGAAAATCCCAGgtattatgat ... tctgttgcagGTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGAC
EST: gi|207784650|gb|GD757757.1|GD757757
EST:     AATA-GCCTAATGTCAAGGAAAATCCCAG                         GTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGAC
genomic: AATATGCCT-ATGTCAAGGAAAATCCCAGgtattatgat ... tctgttgcagGTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGAC
EST: gi|208233521|gb|GE031976.1|GE031976
EST:     TTTGATTTTTCAAAACAAATATGCCTATGTCAAGGAAAATCCCAG                         GTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTG
genomic: TTTGATTTTTCAAAACAAATATGCCTATGTCAAGGAAAATCCCAGgtattatgat ... tctgttgcagGTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTG
EST: gi|193553500|gb|FK510473.1|FK510473
EST:     TGGAGTTTGATTTTTCAAAACAAATATGCCTATGTCAAGGAAAATCCCAG                         GTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTG-C
genomic: TGGAGTTTGATTTTTCAAAACAAATATGCCTATGTCAAGGAAAATCCCAGgtattatgat ... tctgttgcagGTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGAC
EST: gi|207841950|gb|GD817194.1|GD817194
EST:     TGGAGTTTGATTTTTCAAAACAAATATGCCTATGTCAAGGAAAATCCCAG                         GTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGAC
genomic: TGGAGTTTGATTTTTCAAAACAAATATGCCTATGTCAAGGAAAATCCCAGgtattatgat ... tctgttgcagGTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGAC
EST: gi|193674226|gb|FK619432.1|FK619432
EST:     TGGAGTTTGATTTTTCAAAACAAATATGCCTATGTCAAGGAAAATCCCAG                         GTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGAC
genomic: TGGAGTTTGATTTTTCAAAACAAATATGCCTATGTCAAGGAAAATCCCAGgtattatgat ... tctgttgcagGTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatttgcaaatgcaattcttcatacatattgaatactgaaaattgtctgttgcagGTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGACTGGGTGATGGATTTGCAAAATTCTGTTGTGATATCAACTGGTCCAG
                     atacatattgaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aggcaattctttcattatatctgccttcatatcttacagaatagtaatttgcaaatgcaattcttcatacatattgaatactgaaaattgtctgttgcagGTTAAGTTCACCAAGACCGGGGTATGTCATGGATTTGTGCTGTGGATTGACTGGGTGATGGATTTGCAAAATTCTGTTGTGATATCAACTGGTCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - ctgcctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgcaa