Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttggttcctagtagtatgaaatctgagtttctaatctagttcacttaatagcatcattagcatgtactcaccattttcatttttttctttctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G27460.2
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G27460.2 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv08s0040g00320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
-tttggttcctagtagtatgaaatctgagtttctaatctagttcacttaatagcatcattagcatgtactcaccattttcatttttttctttctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG
   |  |   |  |    ||   | || | | || ||    ||   ||| |      |    || ||| | |||   | | |  |||    ||   |||||||||||| |  | ||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||| 
ccattatcatttatctcctgttttttgtgatccttatgcttttagtttagttttggaagctaca-gtagttaccgggtacttactttctgctccaatgcagTGATGTTGTTGAGATGGCAAGCTATGCACCACTTTTTGTGAATTCCAATGACAGGAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7796787|gb|AW782181.1|AW782181
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTAGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttacattt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|6134767|gb|AW133160.1|AW133160
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttacattt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|9819826|gb|BE555402.1|BE555402
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttacattt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|19348102|gb|BM892634.1|BM892634
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttacattt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|9899023|gb|BE607991.1|BE607991
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttacattt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|9819476|gb|BE554989.1|BE554989
EST:     T-GGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGTTTC-TTATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGT-ATCCAAATG-CCAGCTATTCTTCACTT
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttacattt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTT
EST: gi|298166525|gb|HO009964.1|HO009964
EST:     GGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: GGAAAAGAACAGgtttacattt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|9899207|gb|BE608105.1|BE608105
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttacattt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|22523744|gb|BU082555.1|BU082555
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttacattt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|51335508|gb|CO979374.1|CO979374
EST:     NTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttacattt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
EST: gi|27424547|gb|CA936067.1|CA936067
EST:     TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAG                         TGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA
genomic: TTGGCAGCCCTAGCTGAAGCTGGGTTCCTTATTGGACTGGAAAAGAACAGgtttacattt ... tctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaatagcatcattagcatgtactcaccattttcatttttttctttctggtgcagTGATGTTATCCAAATGGCCAGCTATGCTCCACTTTTTGTTAATGCCAATGATAGGAG
                    tactcac  putative branch site (score: 1)
                    tactcaccattttcat  CT-rich tract
                            attttcatttttttct  TA-rich tract