Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtgcattttgtgtatgtagagtgcagaaatttctgttcatgcggacctttaattgatatttttgaatggtttttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAATTGAACACCATTAGTGTATGTTGTGTTGCAATTCTTGTTGAATAGGGTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G22790.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G22790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: AT1G79530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
gtatgtgtgcattttgtgtatgtagagtgcagaaatttctgttcatgcggacctttaattgatatttttgaatggtttttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAATTGAACAC---CATTAGTGTATGTTGTGTTGCAATTCTTGTTGAATAGGGTT
|||    |   |||    | | || | | |  |   | ||    |   |  |    | || | | | ||      ||||  || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| |  ||     | | || ||   ||  |||   ||  |       | ||||  ||  |      
gtacacttttgtttctcatct-tatatttctca---tcctagctaacagttctaacacttaaaaatcttctcccattttacttacagCAACCGAGTTCTTGACCTTATAGAGCACATGGCTTTGGTAGCTGCCAGCCACTAAATACACACACCAGTTCTTGCAGAAGCTTGAGTCTTTCTGCTTTTT---

upper sequence: GLYMA03G22790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv19s0085g00600.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
--------------------gtatgtgtgcattttgtgtatgtagagtgcagaaatttctgttcatgcggacctt----taattgatatttttgaatggtttttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAATTGAACACCATTAGTGTATGTTGTGTTGCAATTCTTGTTGAATAGGGTT
                       |     ||      | ||| |     ||||  || | | |  |||  |  |     ||  | ||  || |    ||||||| || ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||    || |||                                             
gtacaacacggctctctctctctttctcacacacacagcatgcaagcctcagagcttccaggtggtgctaatgtgatgatacataatggttattttcggtttttcttacagCAACCGAGTGCTGGACCTCATAGAGCACATGGCATTGGTGGCGGCCAGCAAATGA---------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151403747|gb|EV273557.1|EV273557
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
EST: gi|208123988|gb|GD925506.1|GD925506
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
EST: gi|17022180|gb|BM093214.1|BM093214
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
EST: gi|6914527|gb|AW396057.1|AW396057
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGGTGG-AGCTCAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGG-TGGGAGCTCAAA
EST: gi|15589578|gb|BI674194.1|BI674194
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCT
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCT
EST: gi|51334832|gb|CO978698.1|CO978698
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
EST: gi|22927146|gb|BU544285.1|BU544285
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatttctgttcatgcggacctttaattgatatttttgaatggtttttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAATTGAACACCATTAGTGTATGTTGTGTTGCAATTCTTGTTGAATAGGGTT
                        aattgat  putative branch site (score: 4)
                                           tttttgtt  putative PPT
                     tttaattgatattttt  TA-rich tract