Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaactaccttctactatataaattctatcatgtcatatccctcaataattatattaaataataatagacatctttgacagctttggtactgtgagcttttctgtaattgaatttcttaattttaatggttgagattcgactcagGTGCTTAAGGCAATGAGAGAATCTGTTTCAACAAAACCTGCTATCTTTGCCATGTCTAACCCCACCATGAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G01680.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G01680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
lower sequence: Vv15s0046g03670.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
gtaactaccttctactatataaattctatcatgtcatatccctcaataattatattaaataataatagacatctttgacagctttggtactgtgagcttttctgtaattgaatttcttaattttaatggttgagattcgactcagGTGCTTAAGGCAATGAGAGAATCTGTTTCAACAAAACCTGCTATCTTTGCCATGTCTAACCCCACCATGAATG
                                ||   |||||  | |        |   |||| ||| |  || |||  ||| |       | |  ||| |  ||   ||| || |||| |||  || ||||  |    | ||||||||||||||| ||| ||||||| | ||| || |||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||
-------------------------------ggtagcatcccctattg------ctgtttaatgatacatttcattgtaagcat-------gcgtacttgtaagtggctgagttcctta-tttgtattgttggcacataaatcagGTGCTTAAGGCCATGCGAGAATCCGATTCTACCAAACCTGCAATTTTTGCAATGTCAAATCCCACCATGAATG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgagcttttctgtaattgaatttcttaattttaatggttgagattcgactcagGTGCTTAAGGCAATGAGAGAATCTGTTTCAACAAAACCTGCTATCTTTGCCATGTCTAACCCCACCATGAATG
                              ttttaat  putative branch site (score: 3)
       ttttctgtaattgaat  TA-rich tract