Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtatcttgataaagagctagatgctaatttgttcaaggttttggtacatgtctatccttcatttaaatctgattgcttcctggtaaatgcggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTTTGGCCGCATCTGCTTGAATGCTCTGGAAATTTTTCTTGTCCTGGTTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G46380.2
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21676919|gb|BQ629270.1|BQ629270
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|193700259|gb|FK635868.1|FK635868
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|209708510|gb|BW668120.1|BW668120
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|7028855|gb|AW458638.1|AW458638
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCANATCTTGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|193411760|gb|FK380323.1|FK380323
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|6846711|gb|AW349001.1|AW349001
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|11273897|gb|BF324286.1|BF324286
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAGATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTCGAAGATATTGGTTCG-GCTG-AAAGA
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTG-TTCGTGCTGCAAAGA
EST: gi|19934724|gb|BQ079754.1|BQ079754
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|208341465|gb|GE136613.1|GE136613
EST:     TGTTCCCTATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: TGTTCCC-ATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|193652206|gb|FK595908.1|FK595908
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|207787791|gb|GD761099.1|GD761099
EST:     TTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: TTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|22926912|gb|BU544051.1|BU544051
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|193560542|gb|FK519779.1|FK519779
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|193650375|gb|FK597220.1|FK597220
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|193694384|gb|FK629528.1|FK629528
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|6454269|gb|AW184952.1|AW184952
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|193519083|gb|FK475408.1|FK475408
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|193709570|gb|FK644214.1|FK644214
EST:     ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: gi|207731222|gb|GD708879.1|GD708879
EST:     CATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG                         GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: CATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acatgtctatccttcatttaaatctgattgcttcctggtaaatgcggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTTTGGCCGCATCTGCTTGAATGCTCTGGAAATTTTTCTTGTCCTGGTTAG
                     atctgat  putative branch site (score: 4)
               atttaaatctgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatcttgataaagagctagatgctaatttgttcaaggttttggtacatgtctatccttcatttaaatctgattgcttcctggtaaatgcggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTTTGGCCGCATCTGCTTGAATGCTCTGGAAATTTTTCTTGTCCTGGTTAG

- - - - - - - - - -gatgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ggttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taaatgc