1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gttttgaggaactatcactatttctttattgcttattttgattccatattctagtttttttttccttttatccaaagtcagtacaaaatgaaaattaagattaatataatataaattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATCTTCAATGACTGTTACAGATGGTTGGTATCATTTTTTCTAAGTAGACCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G38410.3 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAAATGT-CCATTGGCAEST: gi|193345566|gb|FK313705.1|FK313705
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAA-TGTACCATTG-CA
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|208055785|gb|GD851588.1|GD851588
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|13480236|gb|BG509579.1|BG509579
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|193380761|gb|FK346044.1|FK346044
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGEST: gi|298167280|gb|HO010719.1|HO010719
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAG
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|207798702|gb|GD769115.1|GD769115
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|193334513|gb|FK298863.1|FK298863
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTGCCATTGCAATEST: gi|193357067|gb|FK319647.1|FK319647
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|208213003|gb|GE012314.1|GE012314
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCAEST: gi|23057556|gb|BU578230.1|BU578230
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCA
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAEST: gi|193723997|gb|FK656347.1|FK656347
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAA
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|208172250|gb|GD966655.1|GD966655
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCAEST: gi|207748553|gb|GD720376.1|GD720376
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCA
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|193407771|gb|FK373119.1|FK373119
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|193717194|gb|FK649922.1|FK649922
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGEST: gi|193480154|gb|FK447288.1|FK447288
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTG
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAEST: gi|193401211|gb|FK370154.1|FK370154
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCA
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAEST: gi|193404559|gb|FK368212.1|FK368212
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCA
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|193342663|gb|FK306489.1|FK306489
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGEST: gi|13482091|gb|BG511434.1|BG511434
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAG
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCATGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|193340054|gb|FK305393.1|FK305393
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCCCGAAATGTACCATTGCAACEST: gi|193601591|gb|FK553486.1|FK553486
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|193339700|gb|FK302303.1|FK302303
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|193310177|gb|FK273639.1|FK273639
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|208257117|gb|GE052318.1|GE052318
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTEST: gi|193724486|gb|FK662674.1|FK662674
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|207734591|gb|GD713340.1|GD713340
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATEST: gi|193609071|gb|FK561655.1|FK561655
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
EST: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAG GACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
genomic: TCGACATGGTACTGGTCATGGAATTGGGTCCTATCTGAATGTTCATGAAGgttttgagga ... aattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAAT
tatccaaagtcagtacaaaatgaaaattaagattaatataatataaattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATCTTCAATGACTGTTACAGATGGTTGGTATCATTTTTTCTAAGTAGACCA
gattaat putative branch site (score: 3)
agtacaaaatgaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttttgaggaactatcactatttctttattgcttattttgattccatattctagtttttttttccttttatccaaagtcagtacaaaatgaaaattaagattaatataatataaattgtgcagGACCTCACTTAATCAGTTTCAGACCTCAGGCTCGAAATGTACCATTGCAATCTTCAATGACTGTTACAGATGGTTGGTATCATTTTTTCTAAGTAGACCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG