1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtatgatagtttttgaataagctgttctgtttatttaactttgctctactagtttattagttctggctgatgttcttgctgcctgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATGCAAGGAAGCAGTGCCCGTTTCTTGGCTTGTGATATTGTGAAAAATGTAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G41420.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATG AATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATGEST: gi|26047711|gb|CA784420.1|CA784420
genomic: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATGgtatgatagt ... tgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATG
EST: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATG AATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCEST: gi|9985319|gb|BE659427.1|BE659427
genomic: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATGgtatgatagt ... tgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCC
EST: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATG AATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATGEST: gi|12688301|gb|BG154637.1|BG154637
genomic: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATGgtatgatagt ... tgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATG
EST: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATG AATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATGEST: gi|214009209|gb|DB990583.1|DB990583
genomic: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATGgtatgatagt ... tgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATG
EST: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATG AATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATGEST: gi|58024722|gb|CX711463.1|CX711463
genomic: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATGgtatgatagt ... tgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATG
EST: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATG AATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATGEST: gi|254328747|gb|GR833119.1|GR833119
genomic: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATGgtatgatagt ... tgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATG
EST: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATG AATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATGEST: gi|208088244|gb|GD889412.1|GD889412
genomic: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATGgtatgatagt ... tgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATG
EST: AATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATG AATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATGEST: gi|209725617|gb|BW663106.1|BW663106
genomic: AATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATGgtatgatagt ... tgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATG
EST: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATG AATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATG
genomic: CTTGCCAAATGGTCGTTTCCTTCCACCATTGTTCAATTTTAAATCTCATGgtatgatagt ... tgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATG
ctttgctctactagtttattagttctggctgatgttcttgctgcctgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATGCAAGGAAGCAGTGCCCGTTTCTTGGCTTGTGATATTGTGAAAAATGTAA
ggctgat putative branch site (score: 4)
tagtttatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgatagtttttgaataagctgttctgtttatttaactttgctctactagtttattagttctggctgatgttcttgctgcctgtgtaccagAATTGAAGGGAGTCCCAGTTGAGATTTTGCTGAAATTGATTCCAGAACATGCAAGGAAGCAGTGCCCGTTTCTTGGCTTGTGATATTGTGAAAAATGTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA