Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tggtgtaggactagttttgcagaccatacagaaatacagtagtttttgcataaggcttgatttgtaatagttctcaggtctggatgattgatgtttgcagATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCCATAAATCAGCTGGTGGAAGGATGGGAGAGAGCAGAACTTTGAAAGAAGAGAATTGGCTGAAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G11220.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193427369|gb|FK393493.1|FK393493
EST:     TTGATTTAATTTTCATCGTGAAAGACGTCAGAATGTACAGTCAAGACAAG                         ATAATAGCTAATCGTATCGTAAAGGTCCATAAATCAG
genomic: TTGATTTAATTTTCATCGTGAAAGACGTCAGAATGTACAGTCAAGACAAGgtaagtgatt ... atgtttgcagATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCCATAAATCAG
EST: gi|207793961|gb|GD766175.1|GD766175
EST:     TTGATTTAATTTTCATCGTGAAAGACGTCAGAATGTACAGTCAAGACAAG                         ATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCCAT
genomic: TTGATTTAATTTTCATCGTGAAAGACGTCAGAATGTACAGTCAAGACAAGgtaagtgatt ... atgtttgcagATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCCAT
EST: gi|15814447|gb|BI786722.1|BI786722
EST:     TTGATTTAATTTTCATCGTGAAAGACGTCAGAATGTACAGTCAAGACAAG                         ATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCCATAAATCAGCTGGTGGAAGGATG
genomic: TTGATTTAATTTTCATCGTGAAAGACGTCAGAATGTACAGTCAAGACAAGgtaagtgatt ... atgtttgcagATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCCATAAATCAGCTGGTGGAAGGATG
EST: gi|7924143|gb|AW830169.1|AW830169
EST:     TTGATTTAATTTTCATCGTGAAAGACGTCAGAATGTACAGTCAAGACAAG                         ATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCC
genomic: TTGATTTAATTTTCATCGTGAAAGACGTCAGAATGTACAGTCAAGACAAGgtaagtgatt ... atgtttgcagATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCC
EST: gi|193476425|gb|FK443458.1|FK443458
EST:     TTGATTTAATTTTCATCGTGAAAGACGTCAGAATGTACAGTCAAGACAAG                         ATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCCATAAATCAGCTGGTGGAAGGATG
genomic: TTGATTTAATTTTCATCGTGAAAGACGTCAGAATGTACAGTCAAGACAAGgtaagtgatt ... atgtttgcagATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCCATAAATCAGCTGGTGGAAGGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgcataaggcttgatttgtaatagttctcaggtctggatgattgatgtttgcagATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCCATAAATCAGCTGGTGGAAGGATGGGAGAGAGCAGAACTTTGAAAGAAGAGAATTGGCTGAAGAG
                                        gattgat  putative branch site (score: 4)
              atttgtaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tggtgtaggactagttttgcagaccatacagaaatacagtagtttttgcataaggcttgatttgtaatagttctcaggtctggatgattgatgtttgcagATAATAGCTAATCATATCATAAAGGTCCATAAATCAGCTGGTGGAAGGATGGGAGAGAGCAGAACTTTGAAAGAAGAGAATTGGCTGAAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
-ggtgtag
- - - - - - - ttttgca
- - - - - - - - - - - -ccataca
- - - - - - - - - - - - - - - gaaatac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggatga