1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...atccattatcttttttggggggttgggagggtacagccaataaaaggtttatattatatctattgtctgcttatggagcttaccatggactggtctacagGCAAAAGCTGAGACGCTTGGAGGTTGCTTTAATTGAATACGGTGAGTCTCTTGAAGAGAGGGGAATTAAAAATTTGGAGGAAATTGAGAAGAAAGTTCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G15820.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATAGAAGTTTTTCAGCTCATGCTGACAGTGGAATGAATGAAGAGCAGAG GCAAAAGCTGAGACGCTTGGAGGTTGCTTTAATTGAATACGGTGAGTCTCTEST: gi|254343766|gb|GR857522.1|GR857522
genomic: GATAGAAGTTTTTCAGCTCATGCTGACAGTGGAATGAATGAAGAGCAGAGgttgtattat ... tggtctacagGCAAAAGCTGAGACGCTTGGAGGTTGCTTTAATTGAATACGGTGAGTCTCT
EST: GATAGAAGTTTTTCAGCTCATGCTGACAGTGGAATGAATGAAGAGCAGAG GCAAAAGCTGAGACGCTTGGAGGTTGCTTTAATTGAATACGGTGAGTCTCTEST: gi|9819347|gb|BE554860.1|BE554860
genomic: GATAGAAGTTTTTCAGCTCATGCTGACAGTGGAATGAATGAAGAGCAGAGgttgtattat ... tggtctacagGCAAAAGCTGAGACGCTTGGAGGTTGCTTTAATTGAATACGGTGAGTCTCT
EST: GATAGAAGTTTTTCAGCTCATGCTGACAGTGGAATGAATGAAGAGCAGAG GCAAAAGCTGAGACGCTTGGAGGTTGCTTTAATTGAATACGGTGAGTCTCTEST: gi|192301179|gb|FG988974.1|FG988974
genomic: GATAGAAGTTTTTCAGCTCATGCTGACAGTGGAATGAATGAAGAGCAGAGgttgtattat ... tggtctacagGCAAAAGCTGAGACGCTTGGAGGTTGCTTTAATTGAATACGGTGAGTCTCT
EST: GATAGAAGTTTTTCAGCTCATGCTGACAGTGGAATGAATGAAGAGCAGAG GCAAAAGCTGAGACGCTTGGAGGTTGCTTTAATTGAATACGGTGAGTCTCT
genomic: GATAGAAGTTTTTCAGCTCATGCTGACAGTGGAATGAATGAAGAGCAGAGgttgtattat ... tggtctacagGCAAAAGCTGAGACGCTTGGAGGTTGCTTTAATTGAATACGGTGAGTCTCT
ggtttatattatatctattgtctgcttatggagcttaccatggactggtctacagGCAAAAGCTGAGACGCTTGGAGGTTGCTTTAATTGAATACGGTGAGTCTCTTGAAGAGAGGGGAATTAAAAATTTGGAGGAAATTGAGAAGAAAGTTCAG
agcttac putative branch site (score: 3)
atattatatctattgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atccattatcttttttggggggttgggagggtacagccaataaaaggtttatattatatctattgtctgcttatggagcttaccatggactggtctacagGCAAAAGCTGAGACGCTTGGAGGTTGCTTTAATTGAATACGGTGAGTCTCTTGAAGAGAGGGGAATTAAAAATTTGGAGGAAATTGAGAAGAAAGTTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - -gggttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - -cagccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catggac