Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctaaaataggatattgtgttgaattgtgatagGATGTATATCTTCATACAACATGTCTGGCAACATTGGCAAACCTGGCACCACATGTCCACCGTTTGAGTGCATATGCATCTCAGAGACTAGTCAGCCTCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G24080.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G24080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv05s0020g04100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
------------------------------------------------------------gtaagctaaaataggatatt---gtgttgaattgtgatagGATGTATATCTTCATACAACATGTCTGGCAACATTGGCAAACCTGGCACCACATGTCCACCGTTTGAGTGCATATGCATCTCAGAGACTAGTCAGCCTCT
                                                                 |||  ||    | ||    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||| ||||| ||||| ||| |||| || |||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||| || || ||||| |
cttcaggagatttgtcaatatgcaaaagtatttaaagcactgtattttataccaatcctttcttactatcatttttttttcacatgttaaattgtgacagGATGTTTATCTTCATACAAACTGTCTCGCAACTTTGGCGAACATGGCTCCTCATGCCCACCGTTTAAGTGCCTATGCATCACAGAGGCTGGTTAGCCTTT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaagctaaaataggatattgtgttgaattgtgatagGATGTATATCTTCATACAACATGTCTGGCAACATTGGCAAACCTGGCACCACATGTCCACCGTTTGAGTGCATATGCATCTCAGAGACTAGTCAGCCTCT
                     agctaaa  putative branch site (score: 3)
                                          taaaataggatatt  TA-rich tract