Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacaaactatgacattaaaatttaatttgcttgaggcacatactatggcatttaccttttaattgtgatgcatttgatatgattctcacttaatggcacatgcatcataaatgcagGATCCTTGGAGATGTCTTCATGGGGCGCTATCACACCATCTTTGATTATGGTAAGTTGAGAGTCGGATTTGCTGAGGCAGCATAGAGAATGTTCTCATGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G11670.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G11670.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv10s0116g01210.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
gtacaaactatgacattaa-aatttaatttgcttgaggcacatactatggcatttaccttttaattgtgatgcatttgatatgattctcacttaatggcacatgcatcataaatgcagGATCCTTGGAGATGTCTTCATGGGGCGCTATCACACCATCTTTGATTATGGTAAGTTGAGAGTCGGATTTGCTGAGGCAGCATAGAGAATGTTCTCATGT
    |   |||  | ||   |||||| ||| || | | | ||||| ||        ||||        |||||   ||||   ||| ||   | ||  ||  |   |    | ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||| | || |||||||||||  ||||||| |||||||| || || |||||    |    | | || 
--gtattttattcccttcccaatttactttcctagtgtcccataccat--------ccttc-------gatgctggtgatgctattttccactgattccaattatgt----actgcagGATCCTGGGAGACGTCTTCATGGGTCGCTACCACACCGTGTTCGATTATGGTAATATGAGAGTTGGATTTGCAGAAGCGGCATAAGAGAAACCCACCTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6666155|gb|AW277614.1|AW277614
EST:     ATTAGTGGCTTTACTGCTTTGGATGTTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTATG                         GATCCTTGGAGATGTCTTCATGGGGCGCTATCACACCATCTTTGATTATGG
genomic: ATTAGTGGCTTTACTGCTTTGGATGTTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTATGgtacaaacta ... ataaatgcagGATCCTTGGAGATGTCTTCATGGGGCGCTATCACACCATCTTTGATTATGG
EST: gi|193430906|gb|FK393712.1|FK393712
EST:     ATTAGTGGCTTTACTGCTTTGGATGTTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTATG                         GATCCTTGGAGATGTCTTCATGGGGCGCTAATCACACCATCTTTGATTATG
genomic: ATTAGTGGCTTTACTGCTTTGGATGTTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTATGgtacaaacta ... ataaatgcagGATCCTTGGAGATGTCTTCATGGGGCGCT-ATCACACCATCTTTGATTATG
EST: gi|10254669|gb|BE822435.1|BE822435
EST:     ATTAGTGGCTTTACTGCTTTGGATGTTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTATG                         GATCCTTGGAGATGTCTTCATGGGGCGCTATCACACCATCTTTGATTATGG
genomic: ATTAGTGGCTTTACTGCTTTGGATGTTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTATGgtacaaacta ... ataaatgcagGATCCTTGGAGATGTCTTCATGGGGCGCTATCACACCATCTTTGATTATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attgtgatgcatttgatatgattctcacttaatggcacatgcatcataaatgcagGATCCTTGGAGATGTCTTCATGGGGCGCTATCACACCATCTTTGATTATGGTAAGTTGAGAGTCGGATTTGCTGAGGCAGCATAGAGAATGTTCTCATGT
          atttgatat  TA-rich tract