1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...ggttgttttgactatgttcaagttctaaccctgtgattcttgtatgcaatgttgcattttttctcctccctttattgactcatcattcctacatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGCAAAGATCAGATAGCCCTTTCTCATTTCCCCGCCAAAAGCGTTCAGTAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G40320.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGCEST: gi|208273304|gb|GE066684.1|GE066684
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGEST: gi|193575154|gb|FK530727.1|FK530727
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTG
EST: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAAGGEST: gi|193313594|gb|FK280445.1|FK280445
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTA-GG
EST: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGCEST: gi|208123776|gb|GD922396.1|GD922396
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAATAGGCEST: gi|208144873|gb|GD940776.1|GD940776
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGCEST: gi|208316704|gb|GE115360.1|GE115360
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGCEST: gi|208108927|gb|GD907639.1|GD907639
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: AGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGCEST: gi|207800362|gb|GD773715.1|GD773715
genomic: AGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: GCCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGCEST: gi|193463411|gb|FK425599.1|FK425599
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: GAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGCEST: gi|193439784|gb|FK407625.1|FK407625
genomic: GAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGCEST: gi|208231539|gb|GE029444.1|GE029444
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
gcaatgttgcattttttctcctccctttattgactcatcattcctacatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGCAAAGATCAGATAGCCCTTTCTCATTTCCCCGCCAAAAGCGTTCAGTAAG
tattgac putative branch site (score: 2)
ttcctac putative PPT
attttttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggttgttttgactatgttcaagttctaaccctgtgattcttgtatgcaatgttgcattttttctcctccctttattgactcatcattcctacatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGCAAAGATCAGATAGCCCTTTCTCATTTCCCCGCCAAAAGCGTTCAGTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- -tgttttg
- - - - - - - - - - - - ctaaccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgca