1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...tgttgttgtaacttgtaagcataagtcagtatagtttctgatcaacgaactaaaagtgccagtgttggagcttatgtgaaacatttctttctcttcccagAGTGAAGCTGATTACTGGCTTTTATCAGATGCTGATGTTAGCATAACTGACATGTGGAGAACAGAAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G09860.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCAGGATTTCGTGAGTGGGATCATGAAGATTGTTCCTTCAGATGTTGCT AGTGAAGCTGATTACTGGCTTTTATCAGATGCTGATGTTAGCATAACTGAC
genomic: CCCAGGATTTCGTGAGTGGGATCATGAAGATTGTTCCTTCAGATGTTGCTgtaagtatca ... ctcttcccagAGTGAAGCTGATTACTGGCTTTTATCAGATGCTGATGTTAGCATAACTGAC
cgaactaaaagtgccagtgttggagcttatgtgaaacatttctttctcttcccagAGTGAAGCTGATTACTGGCTTTTATCAGATGCTGATGTTAGCATAACTGACATGTGGAGAACAGAAC
aactaaa putative branch site (score: 2)
catttctttctcttcc putative PPT
aaacattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgttgttgtaacttgtaagcataagtcagtatagtttctgatcaacgaactaaaagtgccagtgttggagcttatgtgaaacatttctttctcttcccagAGTGAAGCTGATTACTGGCTTTTATCAGATGCTGATGTTAGCATAACTGACATGTGGAGAACAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
-gttgttg
- - - - - - -tgtaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - -gtttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttatg