Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtcatatcatggccgtggagatgtgatgaatacatagtttcttattgtttccttacctgaagcgtactgttacatttgcactttctggattgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATAGTCAAGAAGAAGCTAGGTTACGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G04460.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G04460.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT4G39170.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
gtcatatcatggccgtggagatgtgatgaatacatagtttcttattgtttccttacctgaagcgtactgttacatttgcactttctggattgttcaa--tagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATAGTCAAGAAGAAGCTAGGTTACGG
         |  | |        || | || |  |     |        |    ||||||  |||         | |  |   | |   || ||  |   |||||||||||||||| || ||||| ||||||||  | || |||||||||||  ||||||| | ||||  |   | |
--------gtaactg-aataccatgttcaacaattgaaacccaccaaaattagaacctgagacgtttcacgttctctaaaaactgtttgttatttgaagcagGCTCTTTATGAAGCTCTGATGAGACAAGAAGAATTACTCGCTTACATTGACCGTCAAGAGGCAGCTCAGCACCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208029366|gb|GD827838.1|GD827838
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|193432352|gb|FK394738.1|FK394738
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|208244936|gb|GE039859.1|GE039859
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGCTAATTGCAACTAAAAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|57575734|gb|CX548709.1|CX548709
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|31471098|gb|CD413126.1|CD413126
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|193429824|gb|FK395514.1|FK395514
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|16344852|gb|BI970447.1|BI970447
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|208329459|gb|GE132549.1|GE132549
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTA
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTA
EST: gi|208198604|gb|GD998453.1|GD998453
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|193457416|gb|FK423182.1|FK423182
EST:     GTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGCTAATTGCAACTAAAAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: GTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|208054934|gb|GD852307.1|GD852307
EST:     TTGCAACTAAGAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: TTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|193388900|gb|FK355773.1|FK355773
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGCTAATTGCAACTAAAAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|208051167|gb|GD849022.1|GD849022
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGCTAATTGCAACTAAAAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|42722969|gb|CK768868.1|CK768868
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|193435834|gb|FK399438.1|FK399438
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTAACATTGA
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTA-CATTGA
EST: gi|208272259|gb|GE067473.1|GE067473
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAG
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAG
EST: gi|208144025|gb|GD943728.1|GD943728
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGCTAATTGCAACTAAAAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|193442232|gb|FK406069.1|FK406069
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|57575553|gb|CX548528.1|CX548528
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: gi|207779981|gb|GD753456.1|GD753456
EST:     CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG                         GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtttccttacctgaagcgtactgttacatttgcactttctggattgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATAGTCAAGAAGAAGCTAGGTTACGG
    tccttac  putative branch site (score: 2)
                        ttacattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcatatcatggccgtggagatgtgatgaatacatagtttcttattgtttccttacctgaagcgtactgttacatttgcactttctggattgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATAGTCAAGAAGAAGCTAGGTTACGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - -catggcc
- - - - - - - - - - -tgtgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgttac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcactt