Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagaaccaaataccaatcaccttgtctgttattgacttcaataactatttttttcaaattataaaaacaaatattcatgagaaactttttcaatataaaatcatttttttattattgatttaaaagttacatgattgattgagtacatacaaatgacctgacttgttcctaatgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAACCGGCACTACTATACATCGTTCCATTTACCCTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G02540.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209716107|gb|BW668646.1|BW668646
EST:     GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTG                         GCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
genomic: GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
EST: gi|254328593|gb|GR832965.1|GR832965
EST:     GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTG                         GCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
genomic: GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
EST: gi|254324665|gb|GR834090.1|GR834090
EST:     GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTG                         GCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
genomic: GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
EST: gi|207838574|gb|GD812434.1|GD812434
EST:     ATATGGCTTTG                         GTTCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAA
genomic: ATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagG-CCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAA
EST: gi|254341537|gb|GR852674.1|GR852674
EST:     GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTG                         GCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
genomic: GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
EST: gi|6666717|gb|AW278176.1|AW278176
EST:     GAGCCTTACAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTG                         GCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
genomic: GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
EST: gi|208265758|gb|GE060901.1|GE060901
EST:     TTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTG                         GCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
genomic: TTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
EST: gi|254324666|gb|GR834091.1|GR834091
EST:     GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTG                         GCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
genomic: GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
EST: gi|208298780|gb|GE091405.1|GE091405
EST:     GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTG                         GCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
genomic: GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
EST: gi|214004354|gb|DB989359.1|DB989359
EST:     GAGCCTTAGAAGTGGATAATTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTG                         GCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
genomic: GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
EST: gi|208113746|gb|GD911651.1|GD911651
EST:     GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTG                         GCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
genomic: GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
EST: gi|192310357|gb|FK002237.1|FK002237
EST:     GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTG                         GCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC
genomic: GAGCCTTAGAAGTGGATATTTCTTGTGGGCAATGGTTGCATATGGCTTTGgtgagaacca ... atgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttacatgattgattgagtacatacaaatgacctgacttgttcctaatgttggtagGCCTTTTAATTACGTACGTGGCACTAAACTTGATGGACGGGCATGGCCAACCGGCACTACTATACATCGTTCCATTTACCCTTG
                                        tcctaat  putative branch site (score: 2)
                    atacaaat  TA-rich tract