Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctatcatgaggaaatttcaggttttcaactctttttgacttgcattttcatcagtaggaaagaaaatttctgaattttttgtttggatttggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGATGGCACAATATGCGCAGTGTAATCTGTTTCCCGTAAACTCAGATTTGCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35560.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G35560.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT1G48850.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
tctatcatgaggaaatttcaggttttcaactctttttgacttgcattttcatcagtaggaaagaaaatttctgaattttttgtttggatttggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGATGGCACAATATGCGCAGTGTAATCTGTTTCCCGTAAACTCAGATTTGCA
       |||  | ||     |  | |||  | ||  || |   |||  | | | ||           ||| | |||||   ||||  ||||  |||||||||| || ||||| || |||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||  || |||||||  ||||  |||| |||||
------gtgattatatacaccgaatccaaaccatt--gaatca-attcactttatta-----------ttcgggattttgattttgtgtttg-tttgcagCTGTGCCAATGGTGGAAGCAATGGTGGCTCTAGTTCTTGTGGATCAATTGATGGCGCAATACGCACAATGCCATTTGTTTCCAATAAATCCAGAGTTGCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23051015|gb|BU577049.1|BU577049
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|120532705|gb|EH260838.1|EH260838
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|208257194|gb|GE050897.1|GE050897
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGG
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGG
EST: gi|9565502|gb|BE475011.1|BE475011
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|10843361|gb|BF066663.1|BF066663
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTNGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGT
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGT
EST: gi|254333630|gb|GR848548.1|GR848548
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCGAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|33387796|gb|CA851003.1|CA851003
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|208247306|gb|GE048950.1|GE048950
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGG
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGG
EST: gi|192313027|gb|FK003665.1|FK003665
EST:     GCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: GCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|254335192|gb|GR846689.1|GR846689
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|16277466|gb|BI942396.1|BI942396
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATGGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|254325998|gb|GR838879.1|GR838879
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|19053065|gb|BM731732.1|BM731732
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|19268860|gb|BM885116.1|BM885116
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|16282970|gb|BI945300.1|BI945300
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTACGCTT-GGCTCTTGTGGACCAATTG
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTA-GCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTG
EST: gi|193667765|gb|FK610185.1|FK610185
EST:     AACAGAG-TTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|207808737|gb|GD776748.1|GD776748
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAG
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAG
EST: gi|10254609|gb|BE822375.1|BE822375
EST:     NNNAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|7691321|gb|AW759514.1|AW759514
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttcatcagtaggaaagaaaatttctgaattttttgtttggatttggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGATGGCACAATATGCGCAGTGTAATCTGTTTCCCGTAAACTCAGATTTGCA
              aaagaaaatttctgaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tctatcatgaggaaatttcaggttttcaactctttttgacttgcattttcatcagtaggaaagaaaatttctgaattttttgtttggatttggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGATGGCACAATATGCGCAGTGTAATCTGTTTCCCGTAAACTCAGATTTGCA

- - tcatgag
- - - - - - - - - - - - - caactct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagaaaa