Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttatggttttattttttcctatcttcttgcttgtctgtgtagtgattatatgctcaatctgacacatgatgcaatcattttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGGCCCAGCATCCCAAAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G04910.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58021862|gb|CX708603.1|CX708603
EST:     CCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
genomic: CCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
EST: gi|193326912|gb|FK287795.1|FK287795
EST:     TTACAGGTTCTCAAATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAAACAATGTCAACTCTTA
genomic: TTACAGGTTCTCA--TGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAA-CAATGTCAACTCTTA
EST: gi|21888738|gb|BQ741951.1|BQ741951
EST:     TGTTACAGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
genomic: TGTTACAGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
EST: gi|10236381|gb|BE805269.1|BE805269
EST:     TGTTACAGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
genomic: TGTTACAGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
EST: gi|193460952|gb|FK426699.1|FK426699
EST:     TGTTACAGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
genomic: TGTTACAGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
EST: gi|254313963|gb|GR831592.1|GR831592
EST:     TGTTACGGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
genomic: TGTTACAGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
EST: gi|208324693|gb|GE125770.1|GE125770
EST:     TGTTACAGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATG                         GTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG
genomic: TGTTACAGGTTCTCATGACACTACCATCAAGATGTGGGACCTTAGATATGgtaatttatg ... tttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgtgtagtgattatatgctcaatctgacacatgatgcaatcattttcattcagGTAAAACAATGTCAACTCTTACAAACCATAAAAAATCTGTTCGAGCAATGGCCCAGCATCCCAAAGA
                       atctgac  putative branch site (score: 3)
                                            ttttcattc  putative PPT
         tgattatat  TA-rich tract