1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...atgctacttggcttcttgtttcaaattttcttttcctagatacaactgtgctacttcttttgtcatccctttttccttatgtttattctgcttactgcagGGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTTCATTCTCCATGCTGGTAGCTGAATATTGGTCCAACTGCAATAGGAATTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G20780.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATG GGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTTEST: gi|18040609|gb|BM308903.1|BM308903
genomic: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATGgtatgttgtt ... cttactgcagGGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTT
EST: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATG GGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTTEST: gi|31464074|gb|CD406102.1|CD406102
genomic: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATGgtatgttgtt ... cttactgcagGGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTT
EST: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATG GGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTTEST: gi|31461946|gb|CD403974.1|CD403974
genomic: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATGgtatgttgtt ... cttactgcagGGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTT
EST: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATG GGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTTEST: gi|51335548|gb|CO979414.1|CO979414
genomic: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATGgtatgttgtt ... cttactgcagGGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTT
EST: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATG GGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTTEST: gi|7685435|gb|AW756083.1|AW756083
genomic: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATGgtatgttgtt ... cttactgcagGGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTT
EST: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATG GGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTT
genomic: CAGAGTTCCAACTGTAATAGACAGTGACATGGTCATGGTCCTATCCTATGgtatgttgtt ... cttactgcagGGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTT
ctgtgctacttcttttgtcatccctttttccttatgtttattctgcttactgcagGGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTTCATTCTCCATGCTGGTAGCTGAATATTGGTCCAACTGCAATAGGAATTC
tgcttac putative branch site (score: 2)
tccctttttccttatg CT-rich tract
ttatgtttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgctacttggcttcttgtttcaaattttcttttcctagatacaactgtgctacttcttttgtcatccctttttccttatgtttattctgcttactgcagGGAAAGTGGTGGAGTATGACAAGCCTTCAAAGCTCATGGGTACGAACTCTTCATTCTCCATGCTGGTAGCTGAATATTGGTCCAACTGCAATAGGAATTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
-tgctact
- - - - tggcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actgtgc