Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gatgccttttgtcctttatagtttgtcatttgactcatccttttcatgctttgttgatatgtaactcttgcaattttttactggggcaacttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTACTCGTAGGAGAAACTCTGGAACTATTGCTAATGACGGAATCTTATCTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20320.2
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193715822|gb|FK649013.1|FK649013
EST:     ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAG                         GTGGAGAGGATGGTAATGGTAGG
genomic: ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAGgtatagtctt ... ttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATGGTAGG
EST: gi|9986548|gb|BE660656.1|BE660656
EST:     ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAG                         GTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA
genomic: ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAGgtatagtctt ... ttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA
EST: gi|208300236|gb|GE098909.1|GE098909
EST:     ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAG                         GTGGAGAGGATGGTAATGG
genomic: ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAGgtatagtctt ... ttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATGG
EST: gi|193523934|gb|FK480027.1|FK480027
EST:     ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAG                         GTGGAGAGGATGGTAATG
genomic: ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAGgtatagtctt ... ttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATG
EST: gi|193304917|gb|FK271772.1|FK271772
EST:     ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAG                         GTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA
genomic: ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAGgtatagtctt ... ttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA
EST: gi|26048756|gb|CA785209.1|CA785209
EST:     ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAG                         GTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA
genomic: ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAGgtatagtctt ... ttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA
EST: gi|15204184|gb|BI426952.1|BI426952
EST:     ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAG                         GTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA
genomic: ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAGgtatagtctt ... ttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA
EST: gi|208142337|gb|GD935335.1|GD935335
EST:     ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAG                         GTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA
genomic: ACCAAGTTCAGGCATGCCACCACTGGCTTCAAATGGTGACGGACAGTTAGgtatagtctt ... ttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA
EST: gi|208328456|gb|GE130118.1|GE130118
EST:     TGACGGACAGTTAG                         GTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA
genomic: TGACGGACAGTTAGgtatagtctt ... ttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgctttgttgatatgtaactcttgcaattttttactggggcaacttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTACTCGTAGGAGAAACTCTGGAACTATTGCTAATGACGGAATCTTATCTAG
             atgtaac  putative branch site (score: 3)
                                            cttctat  putative PPT
                          aattttttact  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gatgccttttgtcctttatagtttgtcatttgactcatccttttcatgctttgttgatatgtaactcttgcaattttttactggggcaacttctatgtagGTGGAGAGGATGGTAATGGTAGGCCTACTAATTGGTCTTCATCAGATCCTACTCGTAGGAGAAACTCTGGAACTATTGCTAATGACGGAATCTTATCTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA