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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttatatcaagcttatttcatatttccttggacaatgagaccattttagtctatctccacttactgtttttgtcctgaaatcagGTTACCTCCACCTAGCGAGTGCGATTTATACTATGTTAATCGGGATACGCTCTTCTCCTATCACAGAGATAGTGAATTATTTTTGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G15130.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G15130.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv07s0031g01750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
gttatatcaagcttatttcatatttccttggacaatgagaccattttagtctatctccacttactgtttttgtcctgaaatcagGTTACCTCCACCTAGCGAGTGCGATTTATACTATGTTAATCGGGATACGCTCTTCTCCTATCACAGAGATAGTGAATTATTTTTGCAG
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---gtaggaagttgattatcgaaaacctgtga-------accttttccttc--tctttattcatgctttctctgttgcaaccagGTTACCTCCACCCAGTGAGTGTGATCTCTACTATGTTAATCGAGATACTCTTTTCTCCTATCACAAGGACAGTGAGTTATTTTTGCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggacaatgagaccattttagtctatctccacttactgtttttgtcctgaaatcagGTTACCTCCACCTAGCGAGTGCGATTTATACTATGTTAATCGGGATACGCTCTTCTCCTATCACAGAGATAGTGAATTATTTTTGCAG
                            cacttac  putative branch site (score: 2)
                                     tttttgtcct  putative PPT
             attttagt  TA-rich tract