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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acctgtttgggcatgggaaatcttgattgacgattgatgatattctctgataactttcttcttggtaattgggtaatattgtactcataattttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGTCCTTCCTTCATGATTTGTTGCTGATGGGATCC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G13300.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G13300.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
----acctgtttgggcatgggaaatcttgattgacgattgatgatattctctgataactttcttcttggtaattgggtaatattgtactcataattttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGTCCTTCCTTCATGATTTGT-TGCTGATGGGATCC--
    ||    |   || ||  |||           | ||  || | || |   |  || ||||| |  ||   || | | ||    | |  |  |||||  |||||| | ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| | |  |  ||    | | |||| |        || |||    || |   || |  
tcaaacacactcatgc-tgacaaacaaatgcacctgtttcttgtttttttggtagcacattcttttgagttgatgtg-attaaccgattggt--ttttgtgcagGTTCTGGACCTCAGTGTGGATCTAAGTGCTGCCAGCGCTGCAGAAGAATGAGAAGCAC---ATTAAGTCCATAAACTGATATATGTGCATTGTTCCAATTCCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22525620|gb|BU084431.1|BU084431
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|7685552|gb|AW756200.1|AW756200
EST:     AGTCGACCGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGGGGATCTTAG
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAG
EST: gi|208125834|gb|GD922040.1|GD922040
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|6567090|gb|AW234717.1|AW234717
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|10843935|gb|BF067288.1|BF067288
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAATGTGGATCTTAATGCTGCTTA-TGCTGCAGAAGAG
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCT-AGTGCTGCAGAAGAG
EST: gi|7234348|gb|AW569686.1|AW569686
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|208187467|gb|GD985497.1|GD985497
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAG
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|23729914|gb|BU763063.1|BU763063
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|26048272|gb|CA784798.1|CA784798
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCA
EST: gi|254330580|gb|GR841845.1|GR841845
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|16105598|gb|BI893338.1|BI893338
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAG
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAG
EST: gi|26268738|gb|CA819801.1|CA819801
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAG
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAG
EST: gi|192327651|gb|FK020670.1|FK020670
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|58015032|gb|CX701774.1|CX701774
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|15203704|gb|BI426472.1|BI426472
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGA
EST: gi|15337393|gb|BI498049.1|BI498049
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|58016818|gb|CX703560.1|CX703560
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|22521741|gb|BU080552.1|BU080552
EST:     AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAG
genomic: AGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgataactttcttcttggtaattgggtaatattgtactcataattttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGTCCTTCCTTCATGATTTGTTGCTGATGGGATCC
  tgataac  putative branch site (score: 2)
                            taatattgtactcata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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acctgtttgggcatgggaaatcttgattgacgattgatgatattctctgataactttcttcttggtaattgggtaatattgtactcataattttgaacagGTTATTGACCTGAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGTCCTTCCTTCATGATTTGTTGCTGATGGGATCC

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