Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagttgtttaatctaaaaataatttaaaacaccataagtactggactactatctttgtatttttaagtttatgcagatcagtttcctggtcttccttctaatgtatgattacattgtcccagGTGGGTGAGATATTAGGAACTTTAATCAAAACCTTCAAAGCCAACTTCTTGCCTTTCTTTGATGAACTATCATCATATCTGACACCTATGTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G12120.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G12120.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv06s0004g00500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
gttagttgtttaatc-taaaaataatttaaaacaccataagtactggactactatctttgtatttttaagtt-tatgcagatcagtttcctg----gtcttccttctaatgtatga--ttacat-tgtcccagGTGGGTGAGATATTAGGAACTTTAATCAAAACCTTCAAAGCCAACTTCTTGCCTTTCTTTGATGAACTATCATCATATCTGACACCTATGTGG
||| ||  ||  | | |  |    ||| || | |  || || | |    |  |   ||| |   | | | || | ||   |  |  || ||     ||||   ||       |  |  | || | ||  |||||||||||| || || |||||||| ||||| || ||||| ||    |||||||| |||||||||||  || | |||||||| ||||||||||||
gtttgtctttctaccatttatgatattcaacatattattagcattttttttttgcttttatgcctgtcatttatgtgtcaaggaagtttctactatgtctatgtttggcctcacaaactaacttctgatccagGTGGGTGAAATTTTGGGAACTTTGATCAAGACATTCAAGGCATCTTTCTTGCCATTCTTTGATGAGTTAGCTTCATATCTCACACCTATGTGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatgcagatcagtttcctggtcttccttctaatgtatgattacattgtcccagGTGGGTGAGATATTAGGAACTTTAATCAAAACCTTCAAAGCCAACTTCTTGCCTTTCTTTGATGAACTATCATCATATCTGACACCTATGTGG
                            ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                              ttgtccc  putative PPT
                               taatgtat  TA-rich tract