Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattaccttctatataaattctatcatgtcacatccctcaatgaattatgttcaataaataaataaatgcaatagacatctttgaaagctttggtagtatgaacttttctgcaattgaatttcttaattttaatggttgaggttcaactcagGTGCTTAAGGCAATGAGAGAATCTGTTTCAACAAAACCTGCTATCTTTGCCATGTCTAACCCCACCATGAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G08110.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G08110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv15s0046g03670.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
gtaattaccttctatataaattctatcatgtcacatccctcaatgaattatgttcaataaataaataaatgcaatagacatctttgaaagctttggtagtatgaacttttctgcaattgaatttcttaattttaatggttgaggttcaactcagGTGCTTAAGGCAATGAGAGAATCTGTTTCAACAAAACCTGCTATCTTTGCCATGTCTAACCCCACCATGAATG
                                            | |  ||   | ||   |   |||     ||| |  || ||| ||||        |  | |||| |  |    ||| || |||| || || || |||      || ||||||||||||||| ||| ||||||| | ||| || |||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||
-------------------------------------------ggtagcatcccctattgctgtttaa---tgatacatttcattgtaagc-------atgcgtacttgtaagtggctgagttccttatttgtattg-ttggcacataaatcagGTGCTTAAGGCCATGCGAGAATCCGATTCTACCAAACCTGCAATTTTTGCAATGTCAAATCCCACCATGAATG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgaacttttctgcaattgaatttcttaattttaatggttgaggttcaactcagGTGCTTAAGGCAATGAGAGAATCTGTTTCAACAAAACCTGCTATCTTTGCCATGTCTAACCCCACCATGAATG
                              ttttaat  putative branch site (score: 3)
               aattgaatttcttaat  TA-rich tract