Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattaagtttttcctttcaagaatttctttactaattgataactctagacttgactgagaaacatgatttctttcttttgtggcagTCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAATGAAATTGCATGTGATCCACCTTCGGCTCATCATATTTTCTGGATCACAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G01720.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14126467|gb|BG790905.1|BG790905
EST:     TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATG                         TCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAAT
genomic: TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATGgtattaagtt ... tttgtggcagTCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAAT
EST: gi|207839910|gb|GD810103.1|GD810103
EST:     TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATG                         TCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAAT
genomic: TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATGgtattaagtt ... tttgtggcagTCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAAT
EST: gi|15285979|gb|BI469870.1|BI469870
EST:     TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATG                         TCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAAT
genomic: TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATGgtattaagtt ... tttgtggcagTCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAAT
EST: gi|21257242|gb|BQ454130.1|BQ454130
EST:     TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATG                         TCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAAT
genomic: TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATGgtattaagtt ... tttgtggcagTCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAAT
EST: gi|208341289|gb|GE134085.1|GE134085
EST:     TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATG                         TCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACA
genomic: TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATGgtattaagtt ... tttgtggcagTCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACA
EST: gi|192307855|gb|FG999334.1|FG999334
EST:     TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATG                         TCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAAT
genomic: TGCTCAGAAGATTATTTCCTCACCTTTGACGATGGCATCATATGGGGATGgtattaagtt ... tttgtggcagTCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaattgataactctagacttgactgagaaacatgatttctttcttttgtggcagTCATGAATGTGCCAAGTTATGAATCTGTTAACAGCAAGTTCCATGCAAAATGAAATTGCATGTGATCCACCTTCGGCTCATCATATTTTCTGGATCACAA
                                    tttctttcttttgt  CT-rich tract
                                   atttcttt  TA-rich tract