Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcatttgctacttatactgaatattcatgtctattgtctacttattaactgaaactttatttttattaattagagtgtaaaacgctcccatggtataaatcttattgttaatgttcatttgcaatgtgtagCAAATATGTCAACAACTTCATGGACTATGGTCAGCACCATTCCGTATCACTGTAGCTATTGTTCTCCTATACCAGCAACTAGGTGTTGCTTCACTTATTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G46940.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G46940.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv10s0003g04470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
gttcatttgctacttatactgaatattcatgtctattgtctacttattaactgaaactttatttttattaattagagtgt-aaaacgctcccatggtataaatcttattgttaatgttcatttgcaatgtgtagCAAATATGTCAACAACTTCATGGACTATGGTCAGCACCATTCCGTATCACTGTAGCTATTGTTCTCCTATACCAGCAACTAGGTGTTGCTTCACTTATTG
                       | || |     | || | |  || || ||    || |     ||| | ||   | || |||  |  |  ||    ||||| |             | ||| |  ||   ||||||||||||||||||| ||||   ||||||| || ||||| |||||||   | ||||| ||||| || || |||||| |||| |||||||| ||  |||
----------------------ttgtttaaaggaaatgccaatatactatctatttctgttgccatatcatttgaggagttaaagtgagcttataac-taaatgta-----------ccttttactttgctcagCAAATATGTCAACAACTACATGCTTTATGGTCTGCTCCATTTCGTATCATCATCGCTATGGTTCTTCTTTATCAGCAATTAGGGGTTGCTTCCCTCCTTG

upper sequence: GLYMA06G46940.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: EFJ34932 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 11
gttcatttgctacttatactgaatattcatgtctattgtctacttattaactgaaactttatttttattaattagagtgtaaaacgctcccatggtataaatcttat-tgttaatgttcatttgcaatgtgtagCAAATATGTCAACAACTTCATGGACTATGGTCAGCACCATTCCGTATCACTGTAGCTATTGTTCTCCTATACCAGCAACTAGGTGTTGCTTCACTTATTG
                                                                                      |  |||    |  || ||||| ||||    || | ||   ||    ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||  | || ||    | |||| | ||| |||| ||| | ||||| || ||||| ||  | ||||
-----------------------------------------------------------------------------------gtacatccagatcagtaaacttatgtgttgtaatttaattt--atcaacagCAAATATGTCAACAACTCCATGGCCTGTGGTCAGCTCCCCTACGGATTGTAGGAGCTGTAGTTTTCCTTTACTATCAACTCGGCGTTGCATCCTTGATTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaaaacgctcccatggtataaatcttattgttaatgttcatttgcaatgtgtagCAAATATGTCAACAACTTCATGGACTATGGTCAGCACCATTCCGTATCACTGTAGCTATTGTTCTCCTATACCAGCAACTAGGTGTTGCTTCACTTATTG
                             tgttaat  putative branch site (score: 3)
                 tataaatcttattgtt  TA-rich tract