Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaatgaaaggcccactctgtaatacattgatcactttatgccactgttgtttcaattaagagatttaacagGTGGGGCTTGAGCTGGTTCCTAGGGACTATGATATGGATACAGCAACTCCTTTTAAAAAGACAGATATTGTAAGCATGGTCCCCATATATAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G30000.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G30000.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv11s0037g00840.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
gtaaaatgaaaggcccactctgtaatacat------tgatcactttatgc-cactgttgtttcaatt----aagaga--------tttaacagGTGGGGCTTGAGCTGGTTCCTAGGGACTATGATATGGATACAGCAACTCCTTTTAAAAAGACAGATATTGTAAGCATGGTCCCCATATATAAG
|||   |||   | || |||  |   || |      | | |||    ||   |||  | ||| ||||    ||| ||        |||  ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||  | ||||||
gtatcttgacttggcctctcactgggacttgaggtcttaccacagggtgaatacttctattttaattttttaagtgaaatcatcttttctcagGTTGGACTTGAGCTTGTTCCTAGGGACTATGATATGGATATTGCATCTCCTTTTAGGAAGTCAGATATTATAAGCATGGTCCCTGTCTATAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtaatacattgatcactttatgccactgttgtttcaattaagagatttaacagGTGGGGCTTGAGCTGGTTCCTAGGGACTATGATATGGATACAGCAACTCCTTTTAAAAAGACAGATATTGTAAGCATGGTCCCCATATATAAG
        cattgat  putative branch site (score: 4)
                                     aattaagagatttaa  TA-rich tract