Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggaatgtccatcccgaatattttctttattttatctattgtatttacgaaggatgtgtttttatattctgctttattctaacagATATACCGTTGAATCCTTGGAAATGTTATTACTTCCCATGGCAAAAGATGGTACGGAAGCCCTTGGGTCAATGGGAAATGATGCTCCATTAGCCGTCATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G13280.2
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G13280.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv16s0098g00290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
gtatggaatg--tccatcccgaat-----attttctttattttatctattgtatttacg-----aaggatg-tgtttttatattctgctttattctaacagATATACCGTTGAATCCTTGGAAATGTTATTACTTCCCATGGCAAAAGATGGTACGGAAGCCCTTGGGTCAATGGGAAATGATGCTCCATTAGCCGTCATG
||||| ||||  | ||| |   ||     | ||| |||   || | |     || | |      | | ||| |   ||   ||||| || |       ||| || || |||||| |||| || ||| |  | || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||
gtatgtaatgatttcattcttgatgcagcacttttttttccttttttgggacatctgcacttgtatgcatgataaattctaattcttctgttcctatgcagTTACACTGTTGAAGCCTTAGAGATGCTGCTGCTGCCCATGGCAAAAGATGGTACTGAGGCCCTTGGTTCAATGGGAAATGATGCTCCATTGGCTGTGATG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatctattgtatttacgaaggatgtgtttttatattctgctttattctaacagATATACCGTTGAATCCTTGGAAATGTTATTACTTCCCATGGCAAAAGATGGTACGGAAGCCCTTGGGTCAATGGGAAATGATGCTCCATTAGCCGTCATG
                                    ttctgctttattct  CT-rich tract
                       atgtgtttttatatt  TA-rich tract