Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atggcatagtatagaatggagatatgaagaatacagtgtctcattgattgcttacctgagcccctaaccctaacatttggatttgatgaattctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGACAGACAAGAAGAAGCCAAGTTGCGGGTAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G01260.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298198144|gb|HO039683.1|HO039683
EST:     CTGCATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAG
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAG
EST: gi|57575650|gb|CX548625.1|CX548625
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|254335758|gb|GR847286.1|GR847286
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208209242|gb|GE005122.1|GE005122
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|254335757|gb|GR847285.1|GR847285
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208130170|gb|GD926725.1|GD926725
EST:     TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|209697051|gb|BW667041.1|BW667041
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208102898|gb|GD900888.1|GD900888
EST:     AGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: AGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gattgcttacctgagcccctaaccctaacatttggatttgatgaattctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGACAGACAAGAAGAAGCCAAGTTGCGGGTAA
                         taacattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atggcatagtatagaatggagatatgaagaatacagtgtctcattgattgcttacctgagcccctaaccctaacatttggatttgatgaattctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGACAGACAAGAAGAAGCCAAGTTGCGGGTAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC