Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatttgtttttgtgaaaatttctccttgattgtttttgtatcttgttcttgagttttaatcttacctccccactttctgcagTTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAATGAGATTGCTTTCATCCACCCATCATATTGAGTCTTCTTTATATACAATC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G36040.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213600182|gb|DB976057.1|DB976057
EST:     TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATG                         TTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
genomic: TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATGgtatttgttt ... ctttctgcagTTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
EST: gi|58017252|gb|CX703994.1|CX703994
EST:     TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATG                         TTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
genomic: TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATGgtatttgttt ... ctttctgcagTTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
EST: gi|213599494|gb|DB975727.1|DB975727
EST:     TCGCGAAAGCTCATTACACCTCCTCTCACAATAAG-ATCATATGGAGATG                         TTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
genomic: TCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAAT-GGCATCATATGGAGATGgtatttgttt ... ctttctgcagTTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
EST: gi|58017426|gb|CX704168.1|CX704168
EST:     TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATG                         TTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
genomic: TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATGgtatttgttt ... ctttctgcagTTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
EST: gi|58020763|gb|CX707505.1|CX707505
EST:     TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATG                         TTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
genomic: TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATGgtatttgttt ... ctttctgcagTTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
EST: gi|209703851|gb|BW670733.1|BW670733
EST:     TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATG                         TTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
genomic: TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATGgtatttgttt ... ctttctgcagTTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
EST: gi|10253962|gb|BE821672.1|BE821672
EST:     TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATG                         TTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
genomic: TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATGgtatttgttt ... ctttctgcagTTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
EST: gi|5753594|gb|AI960881.1|AI960881
EST:     TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATG                         TTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCC
genomic: TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATGgtatttgttt ... ctttctgcagTTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCC
EST: gi|213604268|gb|DB983440.1|DB983440
EST:     TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATG                         TTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT
genomic: TTCGCGAAAGCTCATTTGTTCTCCTCTCACAATGGCATCATATGGAGATGgtatttgttt ... ctttctgcagTTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gattgtttttgtatcttgttcttgagttttaatcttacctccccactttctgcagTTCTCTATGTTCCAAGCTATGAATCAGTGAGTCTCAAATTCCGTGCCTAATGAGATTGCTTTCATCCACCCATCATATTGAGTCTTCTTTATATACAATC
                               atcttac  putative branch site (score: 3)
                                tcttacctccccactt  CT-rich tract
                          ttttaatctta  TA-rich tract