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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgggcgtgggaaatcttgaataacgattgatgatattctctcgataactttcttggtaattgggtaacatgctgattcttgtactcataattttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGATCTGTTGCTGATGGGTTCCGTGATGATGGACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30140.2
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
tgggcgtgggaaatcttgaataacgattgatgatattctctcgataactttcttggtaattgggtaacatg--ctgat-tcttgtactcataa--ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGATCTGTTGCTG-ATGGGTTCCGTGATGATGGACT
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---tcaaacacactcatgctgacaaacaaatgcacctgtttc--ttgtttttttggtagcacattcttttgagttgatgtgattaaccgattggtttttgtgcagGTTCTGGACCTCAGTGTGGATCTAAGTGCTGCCAGCGCTGCAGAAGAATGAGAAGCACATTAAGTCCATAAACTGATATATGTGCATTGTTCCAATTCCT-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193433628|gb|FK400578.1|FK400578
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAG
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EST: gi|6726021|gb|AW310420.1|AW310420
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|208168059|gb|GD966439.1|GD966439
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCT
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCT
EST: gi|193307543|gb|FK270599.1|FK270599
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|207699423|gb|GD680849.1|GD680849
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208118442|gb|GD919175.1|GD919175
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGC
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGC
EST: gi|208132326|gb|GD929867.1|GD929867
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208133850|gb|GD929599.1|GD929599
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|192322507|gb|FK014628.1|FK014628
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|193573284|gb|FK531953.1|FK531953
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208154590|gb|GD956707.1|GD956707
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193619263|gb|FK571691.1|FK571691
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208116654|gb|GD917176.1|GD917176
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193512404|gb|FK467250.1|FK467250
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208048409|gb|GD844862.1|GD844862
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTG
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EST: gi|24136236|gb|BU926746.1|BU926746
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|207719530|gb|GD703485.1|GD703485
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193698043|gb|FK640654.1|FK640654
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193584436|gb|FK543272.1|FK543272
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193616717|gb|FK568293.1|FK568293
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|207751924|gb|GD724449.1|GD724449
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208213838|gb|GE011007.1|GE011007
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208120670|gb|GD917469.1|GD917469
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAA
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EST: gi|207767279|gb|GD740587.1|GD740587
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EST: gi|208080503|gb|GD873205.1|GD873205
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EST: gi|193400512|gb|FK369665.1|FK369665
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EST: gi|207688618|gb|GD673321.1|GD673321
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EST: gi|193467265|gb|FK434366.1|FK434366
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EST: gi|7589270|gb|AW705047.1|AW705047
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EST: gi|208066521|gb|GD866040.1|GD866040
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EST: gi|208270827|gb|GE066559.1|GE066559
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EST: gi|193452929|gb|FK420301.1|FK420301
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EST: gi|208204941|gb|GE002818.1|GE002818
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|193537018|gb|FK497930.1|FK497930
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|207717676|gb|GD697764.1|GD697764
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCT
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EST: gi|193528777|gb|FK483565.1|FK483565
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|208262795|gb|GE061963.1|GE061963
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTG
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EST: gi|21678120|gb|BQ630462.1|BQ630462
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|254345204|gb|GR855754.1|GR855754
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208135150|gb|GD934427.1|GD934427
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGAT
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGAT
EST: gi|193647102|gb|FK593127.1|FK593127
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|14989997|gb|BI315670.1|BI315670
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGAT
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aactttcttggtaattgggtaacatgctgattcttgtactcataattttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGATCTGTTGCTGATGGGTTCCGTGATGATGGACT
                        tgctgat  putative branch site (score: 3)
                                    tactcataattttaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgggcgtgggaaatcttgaataacgattgatgatattctctcgataactttcttggtaattgggtaacatgctgattcttgtactcataattttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGATCTGTTGCTGATGGGTTCCGTGATGATGGACT

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- -gcgtggg
- - - - - - - - -gaataac
- - - - - - - - - - - - - -tgatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgtac