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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgggcgtgggaaatcttgaataacgattgatgatattctctcgataactttcttggtaattgggtaacatgctgattcttgtactcataattttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGATCTGTTGCTGATGGGTTCCGTGATGATGGACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30140.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
tgggcgtgggaaatcttgaataacgattgatgatattctctcgataactttcttggtaattgggtaacatg--ctgat-tcttgtactcataa--ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGATCTGTTGCTG-ATGGGTTCCGTGATGATGGACT
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---tcaaacacactcatgctgacaaacaaatgcacctgtttc--ttgtttttttggtagcacattcttttgagttgatgtgattaaccgattggtttttgtgcagGTTCTGGACCTCAGTGTGGATCTAAGTGCTGCCAGCGCTGCAGAAGAATGAGAAGCACATTAAGTCCATAAACTGATATATGTGCATTGTTCCAATTCCT-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193443835|gb|FK408839.1|FK408839
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EST: gi|193529148|gb|FK484339.1|FK484339
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAAGTGCTGCTAGTG
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTA-GTGCTGCTAGTG
EST: gi|193352024|gb|FK318811.1|FK318811
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
EST: gi|208262795|gb|GE061963.1|GE061963
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTG
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EST: gi|208207248|gb|GE007113.1|GE007113
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTNACCTCAGT
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EST: gi|193673555|gb|FK617780.1|FK617780
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTAGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|193376982|gb|FK340617.1|FK340617
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCT
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCT
EST: gi|193444825|gb|FK407589.1|FK407589
EST:     AGTCGACTGTGGTTGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGG
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EST: gi|193619263|gb|FK571691.1|FK571691
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193472513|gb|FK434898.1|FK434898
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTAAGCAGAAGAGT
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EST: gi|7589233|gb|AW705011.1|AW705011
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193344044|gb|FK311958.1|FK311958
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EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAGCATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTG
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EST: gi|193541758|gb|FK497116.1|FK497116
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|193323541|gb|FK289175.1|FK289175
EST:     GTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTA
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EST: gi|193682554|gb|FK623344.1|FK623344
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|7233927|gb|AW569269.1|AW569269
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCT
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EST: gi|193662887|gb|FK604879.1|FK604879
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EST: gi|208286207|gb|GE086433.1|GE086433
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GGTTATTGACCTC
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EST: gi|193581111|gb|FK535450.1|FK535450
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGA
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genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
EST: gi|193519512|gb|FK473597.1|FK473597
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208133850|gb|GD929599.1|GD929599
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EST: gi|193696194|gb|FK637102.1|FK637102
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EST: gi|208213569|gb|GE013622.1|GE013622
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|207845359|gb|GD817042.1|GD817042
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|208219053|gb|GE015783.1|GE015783
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EST: gi|207764430|gb|GD735795.1|GD735795
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|208340878|gb|GE134542.1|GE134542
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
EST: gi|193575807|gb|FK531700.1|FK531700
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGT
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGT
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genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
EST: gi|208256548|gb|GE054045.1|GE054045
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genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aactttcttggtaattgggtaacatgctgattcttgtactcataattttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGATCTGTTGCTGATGGGTTCCGTGATGATGGACT
                        tgctgat  putative branch site (score: 3)
 tactcataattttaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgggcgtgggaaatcttgaataacgattgatgatattctctcgataactttcttggtaattgggtaacatgctgattcttgtactcataattttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAAAGAAAACTCGGTGATGATCTGTTGCTGATGGGTTCCGTGATGATGGACT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA