Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catgcaacgtatggggggacactgatagtttattatttattatctagtgcacattgtggatagttgcggtatcacctgattctgtgttgttcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGATAGAGCTCTGCATGATGCATTGTCCATTGTCAAGAGAACTCTTGAATCAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G29870.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G29870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os04g46620.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
-catgcaacgtatgggggg-acactgatagtttattatttattatctagtgcacattgtggatagttgcggtatcacctgattctgtgttgttcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGATAGAGCTCTGCATGATGCATTGTCCATTGTCAAGAGAACTCTTGAATCAA
  ||| |   |         |  |  ||  | |||| | ||| | | |     ||     ||   | | || |||||      |||  ||  | || || ||||| |  | || || ||||| |||||||||   ||||| |||||||| || ||| |  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |
gtatgtacttttcaattcccatgcaaatcttatattttgtataaccaaaccagca----agagtttaggggaatcacgc----ctgcatttcttttatgcagGTCTCAATTATACTTAGAGGCGCAAATGACTTCATGCTAGATGAGATTGACAGATCATTGCATGATGCATTGTGCATTGTGAAGAGAACTCTGGAATCCA

upper sequence: GLYMA05G29870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT3G20050.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
-----------------------------------------------catgcaacgtatggggggacactgatagtttattattta--ttatctagtg---cacattgtggatagttgcggtatcacctgattct--gtgttgttcttctgt-agGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGATAGAGCTCTGCATGATGCATTGTCCATTGTCAAGAGAACTCTTGAATCAA
                                                ||   ||  |        |     ||  ||  | || |  || | ||      ||||  | |  | ||   ||| |  | || || |  ||||| || | |||| ||||| | |||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || |  ||||||||||| || ||||| || |
gtatgccattctctcagcaatgaatcttacttgattgctgacagtactatatcacacaaaatcaatcttaagtatatttcttttaaagttgtttaacatatcacacagagttttgtctaggtttttcatgtttataagtgtttttttcctgttagGTCTCGTTGATCTTAAGAGGTGCAAATGACTACATGCTTGATGAGATGGAGAGAGCACTGCATGACGCTTTATGTATTGTCAAGAGGACCCTTGAGTCCA

upper sequence: GLYMA05G29870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv15s0021g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
catgcaacgtatggggggacactgatagtttattatttattatctagtgcacattgtggatagt-tgcggtatcacctgattctgtgt----tgttcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGATAGAGCTCTGCATGATGCATTGTCCATTGTCAAGAGAACTCTTGAATCAA
         |||       |    | | | |  | || | |   || | ||   || || |  |      ||| | ||||||||   |    |||| || |  ||||  | || || || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  | || ||||||||||| || |||||||| |
----atttatatcactaaccttctacaatctgctgttcaatggtta-tacagcatgaggttcttgcattttataatctgattcttcttatcatgttattgttcagGTTTCCTTAATCCTCAGAGGTGCTAATGACTATATGCTTGATGAGATGGATAGGGCTTTGCATGATGCTCTATCAATTGTCAAGAGGACCCTTGAATCCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7589251|gb|AW705029.1|AW705029
EST:     TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCA                         GTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCAgtaagtttta ... tcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|57575315|gb|CX548290.1|CX548290
EST:     GATGCCGTAGTTATGATCAAAGGGGACCAAAACTACAAGTGCA                         GTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGC-TGNATGAGATGGA
genomic: GATGCTGTAGTTATGATCAAA-GGGACCAAAACTACAAGTGCAgtaagtttta ... tcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTG-ATGAGATGGA
EST: gi|193585735|gb|FK542101.1|FK542101
EST:     TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCA                         GTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCAgtaagtttta ... tcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|26045589|gb|CA783128.1|CA783128
EST:     TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCA                         GTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCAgtaagtttta ... tcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|13482485|gb|BG511828.1|BG511828
EST:     TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCA                         GTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCAgtaagtttta ... tcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|24136371|gb|BU926881.1|BU926881
EST:     TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCA                         GTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCAgtaagtttta ... tcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|58018371|gb|CX705113.1|CX705113
EST:     ACTACAAGTGCA                         GTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: ACTACAAGTGCAgtaagtttta ... tcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|20448998|gb|BQ253122.1|BQ253122
EST:     TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCA                         GTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCAgtaagtttta ... tcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|58016681|gb|CX703423.1|CX703423
EST:     TGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCA                         GTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
genomic: TGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCAgtaagtttta ... tcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGAT
EST: gi|58016928|gb|CX703670.1|CX703670
EST:     TTTTTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCA                         GTCAC-TTGATTTNTAAGAGGTGCAAATGACCATATGC-TGNATGAGATGG
genomic: TTTCTGATGATGCTGTAGTTATGATCAAAGGGACCAAAACTACAAGTGCAgtaagtttta ... tcttctgtagGTCACTTTGA-TTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTG-ATGAGATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtgcacattgtggatagttgcggtatcacctgattctgtgttgttcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGATAGAGCTCTGCATGATGCATTGTCCATTGTCAAGAGAACTCTTGAATCAA
                            acctgat  putative branch site (score: 4)
                                         ttgttcttct  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
catgcaacgtatggggggacactgatagtttattatttattatctagtgcacattgtggatagttgcggtatcacctgattctgtgttgttcttctgtagGTCACTTTGATTCTAAGAGGTGCAAATGACCATATGCTTGATGAGATGGATAGAGCTCTGCATGATGCATTGTCCATTGTCAAGAGAACTCTTGAATCAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
catgcaa
- - - - - -tgggggg
- - - - - - - - - - -ctgatag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgcgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgtg