1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...acagtataaaaaactttacactgcacagcctatcaaaattaagctctaagtttttggctcacgctgctaattaaaattgaatttcaatctttttgtgtagGTGTATTTACTGTTGCGGGAATAATAGATTCATCGATATATTATGGTCAGAGAACAATCAAGAGGAAGATGGAGCTTGGAAAATTTACATGATGTGGTCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G24610.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACATACTCCATTTTTACATTTCCTGACCAATATTTGTGCAATTATTGGAG GTGTATTTACTGTTGCGGGAATAATAGATTCATCGATATATTATGGTCAGAEST: gi|22929560|gb|BU546699.1|BU546699
genomic: ACATATTCCATTTTTACATTTCCTGACCAATATTTGTGCAATTATTGGAGgtaattcctt ... ttttgtgtagGTGTATTTACTGTTGCGGGAATAATAGATTCATCGATATATTATGGTCAGA
EST: ACATATTCCATTTTTACATTTCCTGACCAATATTTGTGCAATTANNNGAG GTGTATTTACTGTTGCGGGAATAATAGATTCATCGATATATTATGGTCAGAEST: gi|7233507|gb|AW568852.1|AW568852
genomic: ACATATTCCATTTTTACATTTCCTGACCAATATTTGTGCAATTATTGGAGgtaattcctt ... ttttgtgtagGTGTATTTACTGTTGCGGGAATAATAGATTCATCGATATATTATGGTCAGA
EST: ACATATTCCATTTTTACATTTCCTGACCAATATTTGTGCAATTATTGGAG GTGTATTTACTGTTGCGGGAATAATAGATTCATCGATATATTATGGTCAGA
genomic: ACATATTCCATTTTTACATTTCCTGACCAATATTTGTGCAATTATTGGAGgtaattcctt ... ttttgtgtagGTGTATTTACTGTTGCGGGAATAATAGATTCATCGATATATTATGGTCAGA
ctaagtttttggctcacgctgctaattaaaattgaatttcaatctttttgtgtagGTGTATTTACTGTTGCGGGAATAATAGATTCATCGATATATTATGGTCAGAGAACAATCAAGAGGAAGATGGAGCTTGGAAAATTTACATGATGTGGTCA
tgctaat putative branch site (score: 2)
tctttttgt putative PPT
taattaaaattgaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acagtataaaaaactttacactgcacagcctatcaaaattaagctctaagtttttggctcacgctgctaattaaaattgaatttcaatctttttgtgtagGTGTATTTACTGTTGCGGGAATAATAGATTCATCGATATATTATGGTCAGAGAACAATCAAGAGGAAGATGGAGCTTGGAAAATTTACATGATGTGGTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - taaaaaa
- - - - - - - - - cactgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - aaaattaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acgctgc