Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcaaacttgttttttatatccttttctctttgacttttttttagtttcatatggtggaattcatgacctgtgcttcttcctattaatgcagAAAGCTTCCACTAGCAGTGCAGCTTTGGTTTCAGATTATGTTGGCTATCTTGAAAAGGGACAAATCCCTCCCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G11550.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G11550.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT1G36160.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
gtaagcaaacttgttttttatatccttttctctttgacttttttttagtttcatatggtggaattca-tgacctgtgcttcttcctattaatgcagAAAGCTTCCACTAGCAGTGCAGCTTTGGTTTCAGATTATGTTGGCTATCTTGAAAAGGGACAAATCCCTCCCAAG
                  ||    | | | |||  ||  ||| |||   || | | | |   ||    ||||    |     | ||||   | |||||||| ||  | | |||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||
-----------------gtaagaacctctttctcagagatttatttgtcttgaaaagtttctatctggtgac----gaaatgttctatctgtccagAAAGCATCAGCGACCAGTGCTGCTGTGGTTTCAGATTACGTTGGTTATCTGGAGAAGGGGCAAATCCCTCCAAAG

upper sequence: GLYMA04G11550.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv18s0001g04980.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
gtaagcaaacttgttttttatatccttt---tctctttgactttttttt----------agtttcatatggtggaattca------tgacctgtgctt--cttcctattaatgcagAAAGCTTCCACTAGCAGTGCAGCTTTGGTTTCAGATTATGTTGGCTATCTTGAAAAGGGACAAATCCCTCCCAAG
||||||| || ||||||   | |  |||   | |||     |||| | |          | ||||| ||  |  |||| |      | || | |  ||  |    ||| |   |||||||| ||  |||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||
gtaagcacacatgttttacctgtggtttgggtttctaaaggttttatgttatggaaggcattttcagatactataatttaaataattcacttctattttacactttatcacctcagAAAGCATCTGCTAGCAGTGCAGCAATGGTTTCAGATTATGTCGGTTATCTTGAAAAGGGGCAAATCCCTCCCAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttttagtttcatatggtggaattcatgacctgtgcttcttcctattaatgcagAAAGCTTCCACTAGCAGTGCAGCTTTGGTTTCAGATTATGTTGGCTATCTTGAAAAGGGACAAATCCCTCCCAAG
                                            tattaat  putative branch site (score: 2)
                                  tgcttcttcctatt  CT-rich tract
                                            tattaat  TA-rich tract