Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cagttctgtttgcttgcttcttccctatagtcctatcttcacctgtggaagtggctgttggctttgtcctttacatcattccttgaatttttatctgcagGTCTCCTCATCACATATGTGGCTTTGAACTTGATGGATGGGCATGGTCAGCCAGCTTTGCTTTATATAGTCCCATTTACACTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G01100.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G01100.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv15s0046g02460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
--------cagttctgtttgcttgcttcttccctatag-tcctatcttcacctgtggaagtggctgttggctttgtcctttacatcattccttgaatttttatctgcagGTCTCCTCATCACATATGTGGCTTTGAACTTGATGGATGGGCATGGTCAGCCAGCTTTGCTTTATATAGTCCCATTTACACTTG
        || || | |     || ||||   | |||  | |||   |    | |     |   | ||    |     ||||  |  |   ||  ||| || |  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| | || || || || ||||| ||||| |
ggattttgcatttttatacaactgtttctattccataaatgctacaattttttat-----ttatttttaatat--ctttttaagttgtgtttttcattcttgt--gcagGACTCCTCATCACATATGTGGCCTTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAACCAGCTCTACTCTACATTGTTCCATTCACACTCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26059236|gb|CA802150.1|CA802150
EST:     GAACCTTCGGGCTGGATACTTCTTGTGGGCAATGACTGCCTACGGTTTAG                         GTCTCCTCATCACATATGTGGCTTTGAACTTGATGGATGGGCATGGTCAGC
genomic: GAACCTTCGGGCTGGATACTTCTTGTGGGCAATGACTGCCTACGGTTTAGgtatgaaatg ... ttatctgcagGTCTCCTCATCACATATGTGGCTTTGAACTTGATGGATGGGCATGGTCAGC
EST: gi|151409520|gb|EV279328.1|EV279328
EST:     GAACCTTCGGGCTGGATACTTCTTGTGGGCAATGACTGCCTACGGTTTAG                         GTCTCCTCATCACATATGTGGCTTTGAACTTGATGGATGGGCATGGTCAGC
genomic: GAACCTTCGGGCTGGATACTTCTTGTGGGCAATGACTGCCTACGGTTTAGgtatgaaatg ... ttatctgcagGTCTCCTCATCACATATGTGGCTTTGAACTTGATGGATGGGCATGGTCAGC
EST: gi|254319501|gb|GR829013.1|GR829013
EST:     GAACCTTCGGGCTGGATACTTCTTGTGGGCAATGACTGCCTACGGTTTAG                         GTCTCCTCATCACATATGTGGCTTTGAACTTGATGGATGGGCATGGTCAGC
genomic: GAACCTTCGGGCTGGATACTTCTTGTGGGCAATGACTGCCTACGGTTTAGgtatgaaatg ... ttatctgcagGTCTCCTCATCACATATGTGGCTTTGAACTTGATGGATGGGCATGGTCAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggaagtggctgttggctttgtcctttacatcattccttgaatttttatctgcagGTCTCCTCATCACATATGTGGCTTTGAACTTGATGGATGGGCATGGTCAGCCAGCTTTGCTTTATATAGTCCCATTTACACTTG
                                          tttttatct  CT-rich tract
                                     ttgaatttttatct  TA-rich tract