Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagagcttgtgtagtcaaacttccgtttttttaatcttttgaatctttcacaacctggtccggtgaaatctaacctatattgggctctatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGACACCTGAAGTAATGCGAGTGTATATTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G46350.2
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G46350.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv19s0090g01130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
gtaagagcttgtgtagtcaaacttccgtttttttaatcttttgaatctttcacaacctg-----gtccggtg-----------aaatctaacctatattg-----ggctctatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGACACCTGAAGTAATGCGAGTGTATATTGG
||||||  |||||  |  ||       | |   | || || |  || |||||| || |      ||   |||           | || |||| |   ||      |||| | |  || || | |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||| || ||||||||
gtaagaatttgtgctgctaattagttttataggttattttatagatatttcactacatattattgtttagtgtcttttgacagacatttaacttgctttctgattggctttgtattgtagCTTATGAGGGTTTATGGAGCACTGATGTGGTCACTTGGGAAGGTTCTAAATACTCCTGAGGTTATGCGTGTTTATATTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193638481|gb|FK585477.1|FK585477
EST:     ACAAAATCCGAGTGGTTTTGATCAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA                         TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: gi|208117483|gb|GD917725.1|GD917725
EST:     ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA                         TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: gi|51343198|gb|CO983931.1|CO983931
EST:     ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA                         TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: gi|192313377|gb|FK005149.1|FK005149
EST:     ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA                         TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: gi|13481375|gb|BG510718.1|BG510718
EST:     ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA                         TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: gi|193655266|gb|FK599692.1|FK599692
EST:     ACAAAATCCGAGTGGTTTTGATCAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA                         TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: gi|192313376|gb|FK005148.1|FK005148
EST:     ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA                         TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atctttcacaacctggtccggtgaaatctaacctatattgggctctatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGACACCTGAAGTAATGCGAGTGTATATTGG
                         atctaac  putative branch site (score: 2)
                       aaatctaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagagcttgtgtagtcaaacttccgtttttttaatcttttgaatctttcacaacctggtccggtgaaatctaacctatattgggctctatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGACACCTGAAGTAATGCGAGTGTATATTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG