1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtaagagcttgtgtagtcaaacttccgtttttttaatcttttgaatctttcacaacctggtccggtgaaatctaacctatattgggctctatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGACACCTGAAGTAATGCGAGTGTATATTGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G46350.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGATCAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGEST: gi|208117483|gb|GD917725.1|GD917725
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGEST: gi|51343198|gb|CO983931.1|CO983931
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGEST: gi|192313377|gb|FK005149.1|FK005149
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGEST: gi|13481375|gb|BG510718.1|BG510718
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGEST: gi|193655266|gb|FK599692.1|FK599692
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGATCAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGEST: gi|192313376|gb|FK005148.1|FK005148
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
EST: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAA TTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
genomic: ACAAAATCCGAGTGGTTTTGAACAAGGCAGACCAAGTTGATACCCAACAAgtaagagctt ... tatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAG
atctttcacaacctggtccggtgaaatctaacctatattgggctctatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGACACCTGAAGTAATGCGAGTGTATATTGG
atctaac putative branch site (score: 2)
aaatctaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagagcttgtgtagtcaaacttccgtttttttaatcttttgaatctttcacaacctggtccggtgaaatctaacctatattgggctctatggtgcagTTGATGAGGGTTTATGGAGCCTTAATGTGGTCACTTGGGAAGGTGCTGAAGACACCTGAAGTAATGCGAGTGTATATTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG