1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtttgtggttttcaattatgtgtcgttttcttgtgcatttaccttttatttatggtactgaggattcaagtgcccttccttttcagGAAATCTCGAGACCTTTGACTTCGCACAGATTTGGGTCCCCTGATATGGATGACGCTGAAGATGAGGCTGGATCATATTTCATCAGCGCTGTTTGCTGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G43540.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTGAAACAAATGAAGTCTTTGTTTACCACAAG GAAATCTCGAGACCTTTGACTTCGCACAGATTTGGGTCCCCTGATATGGATEST: gi|10845545|gb|BF068639.1|BF068639
genomic: AGTGAAACAAATGAAGTCTTTGTTTACCACAAGgtttgtggtt ... tccttttcagGAAATCTCGAGACCTTTGACTTCGCACAGATTTGGGTCCCCTGATATGGAT
EST: AATATATTGCGTGTGGCAGTGAAACAAATGAAGTCTTTGTTTACCACAAG GAAATCTCGAGACCTTTGACTTCGCACAGATTTGGGTCCCCTGATATGGAT
genomic: AATATATTGCGTGTGGCAGTGAAACAAATGAAGTCTTTGTTTACCACAAGgtttgtggtt ... tccttttcagGAAATCTCGAGACCTTTGACTTCGCACAGATTTGGGTCCCCTGATATGGAT
tgtgcatttaccttttatttatggtactgaggattcaagtgcccttccttttcagGAAATCTCGAGACCTTTGACTTCGCACAGATTTGGGTCCCCTGATATGGATGACGCTGAAGATGAGGCTGGATCATATTTCATCAGCGCTGTTTGCTGGA
tgcccttccttttc CT-rich tract
atttaccttttattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgtggttttcaattatgtgtcgttttcttgtgcatttaccttttatttatggtactgaggattcaagtgcccttccttttcagGAAATCTCGAGACCTTTGACTTCGCACAGATTTGGGTCCCCTGATATGGATGACGCTGAAGATGAGGCTGGATCATATTTCATCAGCGCTGTTTGCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA