Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatacatgtcacacactcacgggaatttggattgcaatatattcgtctacttttctcatcttaaatttatgaaaattgatttttattttcgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGTGGTATGGATGAAGACTAAAATTATTGTGGGAATTGATGGTTTGCTTTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G07910.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G07910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT3G03960.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
atatacatgtcacacactcacgggaatttggattgcaatatattcgtctacttttctcatcttaaatttatgaaaattgatttttattttcgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGA-ACAGCCT--GCTGGTGGTATGGATGAAGACTAAAATTATTGTGG-GAATTGATGGTTTGCTTTGG
 | | | ||  |     |      ||| |  | | | |   |||  |||  | | || |        |  | | | |  |  ||||| |    | | |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||    ||||  |||   | ||  ||  || | ||    || |||   ||   | |      
ttgttcgtgaaaactcttagattcaatattcagttccactgattgatctcatctactaaaacatgcatgtttatactcaaaatttatgtaaaatgtgcagATTATAATGGCGAAACCAGCAGGTGGACCAAGGAGAGATGCAGCTCAAGCTGCAGGTGCTGGTGCGGAGGAAGACTAAGCCGGAGAACAAATACCTCGTA----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207798100|gb|GD768594.1|GD768594
EST:     CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
EST: gi|151397877|gb|EV267750.1|EV267750
EST:     CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
EST: gi|209718246|gb|BW657851.1|BW657851
EST:     CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
EST: gi|192322913|gb|FK014844.1|FK014844
EST:     CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
EST: gi|208169376|gb|GD970949.1|GD970949
EST:     CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAGAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
EST: gi|254342219|gb|GR853356.1|GR853356
EST:     CTTTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
EST: gi|209700024|gb|BW656205.1|BW656205
EST:     CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
EST: gi|22522283|gb|BU081094.1|BU081094
EST:     CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
EST: gi|209721610|gb|BW671737.1|BW671737
EST:     CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
EST: gi|214004268|gb|DB984742.1|DB984742
EST:     CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
EST: gi|209728114|gb|BW655349.1|BW655349
EST:     CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGT
EST: gi|254342218|gb|GR853355.1|GR853355
EST:     CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAG                         ATTATTATGGCAAA-CCAGCTGGTGGTC
genomic: CTCTTAAATATGCTGCAGATGCTGCATGCACTGTACTACGTGTGGACCAGgtaatcaaat ... cgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtctacttttctcatcttaaatttatgaaaattgatttttattttcgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGTGGTATGGATGAAGACTAAAATTATTGTGGGAATTGATGGTTTGCTTTGG
                             aattgat  putative branch site (score: 4)
                                   tttttattttcgtttt  CT-rich tract
      ttttctcatcttaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atatacatgtcacacactcacgggaatttggattgcaatatattcgtctacttttctcatcttaaatttatgaaaattgatttttattttcgtttttcagATTATTATGGCAAAACCAGCTGGTGGTCCAAGGAGAGAACAGCCTGCTGGTGGTATGGATGAAGACTAAAATTATTGTGGGAATTGATGGTTTGCTTTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- -tacatgt
- - - - - cacacac
- - - - - - - - - - - - - - - gattgca