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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaagactatacttttgccatttggaatatttgatcgatggaacatttaattagtttatctgcttttttgctgattgtcatagtgttcttgacttgtccagATTGAATACGGTGAAACAGATGCATGGCTGTCTATGGAACTCATGTTTTATTTAAGTGTTCTTCCGCTCACACGTCAGCTGACTAATATAAGTGGCAATC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G39430.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G39430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G149802_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 11
------------aaagactatacttttgccatttggaatatttgatcgatggaacatttaattagtttatctgcttttttgctgattgtcatagtgttcttgacttgtccagATTGAATACGGTGAAACAGATGCATGGCTGTCTATGGAACTCATGTTTTATTTAAGTGTTCTTCCGCTCACACGTCAGCTGACTAATATAAGTGGCAATC
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gtaatttcattcaaacaaaata-ttgtgctgctt----ttctctaacagaatgtcttctatttttctcataagttatgaaactaattgcaaaattgtggc--actcacctagGTTGAATATGGTGAGACAGATGCATGGCTTTCTTTGGAGCTCATGTTTCATTTGAGTGTTCTCCCACTGACACGACAATTAACCAACATTAGTGGTAACC

upper sequence: GLYMA01G39430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT5G67100.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
-aaagactatacttttgccatttggaatatttgatcgatggaacatttaattagtttatctgcttttttgctgattgtcatagtgttcttgacttgtccagATTGAATACGGTGAAACAGATGCATGGCTGTCTATGGAACTCATGTTTTATTTAAGTGTTCTTCCGCTCACACGTCAGCTGACTAATATAAGTGGCAATC
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taaagggattgcagataacagcagtcacttaaggttgatgagtgatgactgcatcttaattgctcgcttgtt-ataaccctttgattttcttttctttcagATTGAATGTGGTGAGACGGATGCATGGTTATCCATGGAGCTCATGTTTCATCTAAGTGTTCTTCCTCTCACTCTCCAGCTTACTAACATAAGTGGCAATC

upper sequence: GLYMA01G39430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv07s0031g00470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
-----aaagactatacttttgccatttggaatatttgatcgatggaacatttaattagtttatctgcttttttgctgattgtcatagtgttcttgacttgtccagATTGAATACGGTGAAACAGATGCATGGCTGTCTATGGAACTCATGTTTTATTTAAGTGTTCTTCCGCTCACACGTCAGCTGACTAATATAAGTGGCAATC
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ggtttaactggtctactttgcctattataaatgaaaaatcattgcagctcct--ttggatgat-tgcatatta--tggttctcatcctatgtttaatggtttcagATTGAATATGGTGAAACAGATGCATGGTTATCCATGGAACTTATGTTTCATTTGAGTGTTCTTCCTCTTACTCGTCTTCTGACTAATATCAGTGGTAATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaattagtttatctgcttttttgctgattgtcatagtgttcttgacttgtccagATTGAATACGGTGAAACAGATGCATGGCTGTCTATGGAACTCATGTTTTATTTAAGTGTTCTTCCGCTCACACGTCAGCTGACTAATATAAGTGGCAATC
                                        tcttgac  putative branch site (score: 3)
                                              cttgtcc  CT-rich tract
     tagtttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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aaagactatacttttgccatttggaatatttgatcgatggaacatttaattagtttatctgcttttttgctgattgtcatagtgttcttgacttgtccagATTGAATACGGTGAAACAGATGCATGGCTGTCTATGGAACTCATGTTTTATTTAAGTGTTCTTCCGCTCACACGTCAGCTGACTAATATAAGTGGCAATC

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