1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...cttgtttgctttgctatattgcaaaagttcagctctcctaagtaataacttcaaaggcctgactgtattctattttattgtatgttgatacaaatggcagTTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGTGCTGGAGCTGGAAATGACACTACTGCTGCTGGGGTTCTTGCTGATATCG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G11950.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCTTCCAAAGAACTCTCCCTTGGGAAGACTAAGAGAAAGTGATAATGTG TTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGTEST: gi|18040511|gb|BM308805.1|BM308805
genomic: AGCTTCCAAAGAATTCTCCCTTGGGAAGACTAAGAGGAAGTGATAATGTGgtaagcttct ... caaatggcagTTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGT
EST: AGCTTCCAAAGAATTCTCCCTTGGGAAGACTAAGAGGAAGTGATAATGTG TTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGTEST: gi|209725589|gb|BW677891.1|BW677891
genomic: AGCTTCCAAAGAATTCTCCCTTGGGAAGACTAAGAGGAAGTGATAATGTGgtaagcttct ... caaatggcagTTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGT
EST: AGCTTCCAAAGAATTCTCCCTTGGGAAGACTAAGAGGAAGTGATAATGTG TTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGTEST: gi|209698411|gb|BW667206.1|BW667206
genomic: AGCTTCCAAAGAATTCTCCCTTGGGAAGACTAAGAGGAAGTGATAATGTGgtaagcttct ... caaatggcagTTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGT
EST: AGCTTCCAAAGAATTCTCCCTTGGGAAGACTAAGAGGAAGTGATAATGTG TTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGTEST: gi|22930193|gb|BU547332.1|BU547332
genomic: AGCTTCCAAAGAATTCTCCCTTGGGAAGACTAAGAGGAAGTGATAATGTGgtaagcttct ... caaatggcagTTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGT
EST: AGCTTCCAAAGAATTCTCCCTTGGGAAGACTAAGAGGAAGTGATAATGTG TTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGT
genomic: AGCTTCCAAAGAATTCTCCCTTGGGAAGACTAAGAGGAAGTGATAATGTGgtaagcttct ... caaatggcagTTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGT
taacttcaaaggcctgactgtattctattttattgtatgttgatacaaatggcagTTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGTGCTGGAGCTGGAAATGACACTACTGCTGCTGGGGTTCTTGCTGATATCG
tattctattttattgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttgtttgctttgctatattgcaaaagttcagctctcctaagtaataacttcaaaggcctgactgtattctattttattgtatgttgatacaaatggcagTTGGAAATATATACTCGATGCTATAGTAAACAACCACTGGTTATTCAAGGTGCTGGAGCTGGAAATGACACTACTGCTGCTGGGGTTCTTGCTGATATCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- tgtttgc
- - - - - - - - tattgca
- - - - - - - - - - - - - - - - ctctcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggcctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatgt