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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactttcggatcatcacaaatctctgaatcataatttcttttttcatcctcattttcacatgtaataatcaacttttcatattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATCATCGACATGGACGCTGATGTTATCACCATTGAGAACTCTCGCTCCGATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G29180.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G29180.2 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: EFJ05611 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 11
gtactttcggatcatcacaaatctctgaatcataatttcttttttcatcctcattttcacatgtaataatcaacttttcatattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATCATCGACATGGACGCTGATGTTATCACCATTGAGAACTCTCGCTCCGATG
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----------------------gtaaaagacgcgacgagtttctatagcttcgt----gaatgacactggcgttgtttgaaatccacagATCCACACCCATATGTGCTACTCCCACTTCAACGACATCATCACAGCCATCATCGACATGGACGCCGATGTGATCACGATCGAAAACTCTCGCTCGGATG

upper sequence: GLYMA19G29180.2 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: EFJ28889 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 11
gtactttcggatcatcacaaatctctgaatcataatttcttttttcatcctcattttcacatgtaataatcaacttttcatattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATCATCGACATGGACGCTGATGTTATCACCATTGAGAACTCTCGCTCCGATG
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----------------------gtaaaagacgcgacgagtttctatagcttcgt----gactgacactggcgttgtttgaaatccacagATCCACACCCATATGTGCTACTCCCACTTTAACGACATCATCACAGCCATCATCGACATGGACGCCGATGTGATCACGATCGAAAACTCTCGCTCGGATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26047734|gb|CA784432.1|CA784432
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|192328366|gb|FK020077.1|FK020077
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|6134347|gb|AW132740.1|AW132740
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|21256567|gb|BQ453455.1|BQ453455
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATC
EST: gi|298171276|gb|HO016308.1|HO016308
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGATGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|214009192|gb|DB990030.1|DB990030
EST:     TCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGAGATCATCCACTCCATC
genomic: TCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|17023424|gb|BM094458.1|BM094458
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|33389768|gb|CA852975.1|CA852975
EST:     GGTGTGCAGGATACCGCTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: GGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|16276951|gb|BI942126.1|BI942126
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGC
EST: gi|14991720|gb|BI317393.1|BI317393
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|19346715|gb|BM891595.1|BM891595
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|9901929|gb|BE610897.1|BE610897
EST:     CAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|22522684|gb|BU081495.1|BU081495
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|58014759|gb|CX701501.1|CX701501
EST:     CTGTCCATGCTTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|192305508|gb|FG994302.1|FG994302
EST:     AGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: AGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|16277987|gb|BI942667.1|BI942667
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCATGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGAC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGAC
EST: gi|23064429|gb|BU579202.1|BU579202
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGTTTGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|4313708|gb|AI460827.1|AI460827
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|19936925|gb|BQ081068.1|BQ081068
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|18040818|gb|BM309112.1|BM309112
EST:     AGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: AGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|19936383|gb|BQ080841.1|BQ080841
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|16346506|gb|BI972101.1|BI972101
EST:     ATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: ATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|12691510|gb|BG157846.1|BG157846
EST:     TGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCAT
genomic: TGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCAC-TCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCAT
EST: gi|27425894|gb|CA937414.1|CA937414
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|209725296|gb|BW658221.1|BW658221
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|26057441|gb|CA800355.1|CA800355
EST:     TCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: TCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|7029553|gb|AW459394.1|AW459394
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|16278501|gb|BI942937.1|BI942937
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGGTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACTCACATGTGCTACTCCAACTTC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTC
EST: gi|10233469|gb|BE802357.1|BE802357
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|10847764|gb|BF070400.1|BF070400
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|193322201|gb|FK287065.1|FK287065
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|19938578|gb|BQ081786.1|BQ081786
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|27424681|gb|CA936201.1|CA936201
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|209704633|gb|BW656639.1|BW656639
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|4298263|gb|AI442736.1|AI442736
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|7285007|gb|AW597494.1|AW597494
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|17153396|gb|BM143329.1|BM143329
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|16284041|gb|BI945874.1|BI945874
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|6725366|gb|AW309765.1|AW309765
EST:     GCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCC-ACTTTCAACGACATCATCCACTCCAT
genomic: GCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAAC-TTCAACGACATCATCCACTCCAT
EST: gi|18734448|gb|BM528190.1|BM528190
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|7686748|gb|AW757396.1|AW757396
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|16284146|gb|BI945930.1|BI945930
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|10231799|gb|BE800687.1|BE800687
EST:     GTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: GTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|22524949|gb|BU083760.1|BU083760
EST:     AATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: AATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|16276953|gb|BI942127.1|BI942127
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAA                         ATCCACACCCACATGTGCTACTC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTC
EST: gi|11690374|gb|BF598050.1|BF598050
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EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
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EST:     CCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTGAACGACATCATCCACTCCATT
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EST: gi|16347201|gb|BI972796.1|BI972796
EST:     CAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
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EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
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EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
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EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
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EST: gi|9203777|gb|BE330001.1|BE330001
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
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EST: gi|192305507|gb|FG994301.1|FG994301
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|58025401|gb|CX712142.1|CX712142
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EST: gi|58015152|gb|CX701894.1|CX701894
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCATTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
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EST: gi|15589791|gb|BI674407.1|BI674407
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGC
EST: gi|21285333|gb|BQ473204.1|BQ473204
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCA
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCA
EST: gi|16278578|gb|BI942977.1|BI942977
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|209728872|gb|BW666869.1|BW666869
EST:     AGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: AGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
EST: gi|209728880|gb|BW658547.1|BW658547
EST:     CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAG                         ATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC
genomic: CTGTCCATGCCTTCAGAATCACCAATGTTGGTGTGCAGGATACCACTCAGgtactttcgg ... atattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttcttttttcatcctcattttcacatgtaataatcaacttttcatattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATCATCGACATGGACGCTGATGTTATCACCATTGAGAACTCTCGCTCCGATG
                                       cttttcat  CT-rich tract
                             taataatcaacttttc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtactttcggatcatcacaaatctctgaatcataatttcttttttcatcctcattttcacatgtaataatcaacttttcatattgacagATCCACACCCACATGTGCTACTCCAACTTCAACGACATCATCCACTCCATCATCGACATGGACGCTGATGTTATCACCATTGAGAACTCTCGCTCCGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT