Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcaaccctctctctgcttttaaacagcatcaccgtgtttttaatgaattggaaatttctgcagtgaagttccttaatttttgtccctctactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACCAGGTCAGTCAAATTATATATTCTTGATATGCATCCAATTAGAAATCCCC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G22520.2
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7639784|gb|AW734099.1|AW734099
EST:     ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAG                         GAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGA
genomic: ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccct ... tactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGA
EST: gi|197661912|gb|FD480321.1|FD480321
EST:     ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAG                         GAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTAC
genomic: ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccct ... tactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTAC
EST: gi|10233681|gb|BE802569.1|BE802569
EST:     TCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAG                         GAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
genomic: TCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccct ... tactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
EST: gi|16105754|gb|BI893494.1|BI893494
EST:     ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAG                         GAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
genomic: ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccct ... tactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaattggaaatttctgcagtgaagttccttaatttttgtccctctactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACCAGGTCAGTCAAATTATATATTCTTGATATGCATCCAATTAGAAATCCCC
                           ccttaat  putative branch site (score: 4)
                         ttccttaatttttgtc  CT-rich tract
                             ttaatttttgt  TA-rich tract