Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttttctctcaattcatcaacttttgttgcaattgttatacctatttatttataaaaggtttatggtatgataacttgatactaagtttttttatatgtagGCATTATCTGTTGGAATATTCCCATATGTTCTAAAGCTGTTACAAACAACAACACCAGAACTACGACAGATCCTTGTATTCATATGGACAAAGATTCTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G44210.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G44210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: AT3G08850.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
--gtaatttttc---tctcaattcatcaacttttgttgcaattgttatacctatttatttataaaaggtttatggtatgataacttgatactaagtttttttatatgtagGCATTATCTGTTGGAATATTCCCATATGTTCTAAAGCTGTTACAAACAACAACACCAGAACTACGACAGATCCTTGTATTCATATGGACAAAGATTCTTG
   || || ||    | | ||||  ||  ||    |||   |    | |  |  |  ||| ||  | || ||||   | | | | |||    ||  || ||      ||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||  | |||||||||||    || ||| |||||||||| || |||||||||||||| |||||||
gtatacttctttaaattttaatttctct-ctccctttggcttacacagagtttctcctttttatcatgtatatgtctttaca-cgtgaagtgaacattcttc-----tagGCCTTGTCTGTTGGAATATTCCCATATGTGCTGAAGCTTCTGCAAACAACAACGAATGAGCTAAGACAGATCCTGGTTTTCATATGGACAAAAATTCTTG

upper sequence: GLYMA18G44210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv08s0058g00890.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
gtaatttttctctcaattcatcaacttttgttgcaattgttatacctatttatttataaaaggtttatggtatgataacttgatactaagtttttttatatgtagGCATTATCTGTTGGAATATTCCCATATGTTCTAAAGCTGTTACAAACAACAACACCAGAACTACGACAGATCCTTGTATTCATATGGACAAAGATTCTTG
               | | ||   | |   || || ||  | |   | | | || | || | ||   |  | ||||       ||    || || ||   || ||||  | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| || |||| || |||||||| |||||||||||||| ||||
-------------gtagttattggcatcatttccatttcatttctttttctgttcacaatatgtgatttatttgat-------tatggggtattgttccttgcagGCCCTGTCCGTTGGAATATTTCCATATGTTCTGAAGCTGTTGCAAACAACAACTCCAGAATTAAGACAAATTCTTGTATTTATATGGACAAAGATCCTTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttataaaaggtttatggtatgataacttgatactaagtttttttatatgtagGCATTATCTGTTGGAATATTCCCATATGTTCTAAAGCTGTTACAAACAACAACACCAGAACTACGACAGATCCTTGTATTCATATGGACAAAGATTCTTG
                                        tttttttat  CT-rich tract
                        ataacttgatactaag  TA-rich tract